Горячее
Лучшее
Свежее
Подписки
Сообщества
Блоги
Эксперты
#Круги добра
Войти
Забыли пароль?
или продолжите с
Создать аккаунт
Я хочу получать рассылки с лучшими постами за неделю
или
Восстановление пароля
Восстановление пароля
Получить код в Telegram
Войти с Яндекс ID Войти через VK ID
Создавая аккаунт, я соглашаюсь с правилами Пикабу и даю согласие на обработку персональных данных.
ПромокодыРаботаКурсыРекламаИгрыПополнение Steam
Пикабу Игры +1000 бесплатных онлайн игр Управляйте маятником, чтобы построить самую высокую (и устойчивую) башню из падающих сверху постов. Следите за временем на каждый бросок по полоске справа: если она закончится, пост упадет мимо башни.

Башня

Аркады, Строительство, На ловкость

Играть

Топ прошлой недели

  • SpongeGod SpongeGod 1 пост
  • Uncleyogurt007 Uncleyogurt007 9 постов
  • ZaTaS ZaTaS 3 поста
Посмотреть весь топ

Лучшие посты недели

Рассылка Пикабу: отправляем самые рейтинговые материалы за 7 дней 🔥

Нажимая кнопку «Подписаться на рассылку», я соглашаюсь с Правилами Пикабу и даю согласие на обработку персональных данных.

Спасибо, что подписались!
Пожалуйста, проверьте почту 😊

Помощь Кодекс Пикабу Команда Пикабу Моб. приложение
Правила соцсети О рекомендациях О компании
Промокоды Биг Гик Промокоды Lamoda Промокоды МВидео Промокоды Яндекс Директ Промокоды Отелло Промокоды Aroma Butik Промокоды Яндекс Путешествия Постила Футбол сегодня
0 просмотренных постов скрыто
sefimenko
sefimenko
1 месяц назад
Книжная лига

Handbook of Neuroevolution Through Erlang: Справочник по нейроэволюции через Erlang⁠⁠

4.6 🌕🌕🌕🌕🌖 11
🥇Бестселлер: генетические алгоритмы, биоинформатика, научные исследования, Erlang

Handbook of Neuroevolution Through Erlang: Справочник по нейроэволюции через Erlang Что почитать?, Обзор книг, Чтение, Литература, Генетический алгоритм, Биоинформатика, Исследования, Наука, Алгоритм, Теория алгоритмов, Нейронные сети, Книги, Мышление, Сознание, Длиннопост

Handbook of Neuroevolution Through Erlang. Gene I. Sher. 2012

О книге

Книга «Handbook of Neuroevolution Through Erlang» объединяет теорию и практическую методологию создания систем вычислительного интеллекта на базе нейроэволюции с использованием языка Erlang. В вступлении Джо Армстронг, один из создателей самого языка, раскрывает ценность подхода и обосновывает выбор Erlang для таких задач. Читатель получает исчерпывающий пошаговый учебник по созданию современной платформы TWEANN (Topology and Weight Evolving Artificial Neural Network) - Топология и вес эволюционирующей искусственной нейронной сети.

Структура и методология

Материал выстроен от простейшего симулированного нейрона до полноценной системы, что позволяет освоить ключевые концепции без скачков в сложности. Каждый этап подробно описан и проиллюстрирован примерами кода на Erlang. Следуя руководству, можно самостоятельно собрать TWEANN для моделирования искусственной жизни или для автоматизированной торговли на рынке Форекс.

Практические сферы применения

  • Моделирование искусственной жизни и экосистем

  • Разработка алгоритмических торговых стратегий для Форекс

  • Управление автономными агентами и роботами

Почему Erlang

  • Парадигма конкурентного программирования через обмен сообщениями

  • Эффективное распределение задач на многоядерных и многопроцессорных системах

  • Архитектура, близкая к принципам эволюционных и нейрокомпьютерных моделей

Книга демонстрирует, как использовать встроенные возможности Erlang для задач машинного обучения и раскрывает реальные сценарии применения технологии в финансовых алгоритмах, симуляциях жизни и робототехнике.

Книга «Справочник по нейроэволюции через Erlang» (Handbook of Neuroevolution Through Erlang) доступна как на русском, так и на английском языках.

Показать полностью 1
Что почитать? Обзор книг Чтение Литература Генетический алгоритм Биоинформатика Исследования Наука Алгоритм Теория алгоритмов Нейронные сети Книги Мышление Сознание Длиннопост
0
9
mlenzovet
mlenzovet
1 год назад
Лига биологов

Половое размножение и интернет⁠⁠

Половое размножение и интернет IT, Интернет, Размножение, Сети, Гены, Генетика, Математика, Математический юмор, Занимательная математика, Занимательная ботаника, Айтишники, Наука, Биология, Образование, Экология, Забавное, Биоинформатика, Ботаника, Длиннопост

Давайте начнем с интернета цветов. Вы никогда не задумывались, зачем цветам цвести? Растения вполне успешно распространяются почкованием - отпиливаешь кусочек - и вот тебе новое растение. По научному называется “бесполое размножение”.

С распространением тоже нет никаких проблем: плоды, которые едят животные и переносят их в желудке на большие расстояния, всякие зацепки и липучки чтобы прикрепиться к шерсти, к лапам, к башмакам. И наконец вертолетики и парашютики. Есть и растения с плавающими семенами. В общем, разве что в космос не летают. Но зачем же цвести? И почему же надо цвести именно перед распространением семян?

Половое размножение и интернет IT, Интернет, Размножение, Сети, Гены, Генетика, Математика, Математический юмор, Занимательная математика, Занимательная ботаника, Айтишники, Наука, Биология, Образование, Экология, Забавное, Биоинформатика, Ботаника, Длиннопост

Цвести, понятное дело для передачи генов, то есть для полового размножения. А что такое гены? Добрые люди посчитали, что Passiflora foetida (Пассифлора вонючая аххха, она кстати на картинке) содержит в своем геноме 424 миллиона пар оснований. Давайте возьмем эту цифру как среднюю для всех растений.

1. Одна пара кодирует примерно два бита данных, так что получаем 848 миллиона бит

2. Переводим в мегабайты и получаем примерно 100 мегов на каждый отдельный индивид цветкового растения.

3. При этом в каждой цветочной пылинке только половина информации, а именно 50 мегов.

4. На одном квадратном метре может быть от 1 до 50 растений. Если это не пустыня конечно, для простоты расчетов возьмем одно.

5. Так что каждый квадратный метр генерирует у нас минимум 50 мегов уникальной инфы.

6. При этом одно растение генерирует от 10 000 до 25 миллионов пыльцевых зерен. Физкульт привет вам дорогие аллергики.

7. Для примера возьмем скажем березу с 10 миллионами пыльцевых зерен.

8. Она у нас генерирует 48 терабайт данных (или 393 тысячи гигабит), при том, что большинство из них дубли.

Весь интернет за день генерирует всего-навсего 400 миллионов терабайт, а одно дерево 48 терабайт. А в россии их около 600 миллиардов.

Ладно, а что по скорости?

1. Допустим, что береза (аллергики вы еще здесь?) цветет где-то 10 дней. Значит, что она выдает где-то 460 мегабит/секунду.

2. Летом скорость ветра в РФ где-то 5 метров в секунду, т.е. березки подключены к березовому интернету на скорости 2,25 гигабит/секунду.

В РФ (2024) средняя скорость подключения к интернету около 100 мегабит/cекунду стационарно и 50 мегабит мобильно. Завидуй березке, %username%, ее никто не замедляет.

Я уже порядком задолбался, поэтому не буду считать березовую рощу, или лес. Природное сообщество луга с пчелами и бабочками тоже влом считать. Но, поверьте, что интернету такие объемы данных и не снились!


А что же внутри?

А теперь давайте подумаем, что зашифровано в этих конских объемах данных? Примерно такие сообщения:

- Друзья, мы деревья, мы не сдохли и даже процветаем, при этом юзаем примерно такой софт и дальше 50 метров генетического кода.

А они такие в ответ:
- О, нормально вообще. Берем свои 50 метров генетического кода, берем еще 50 метров генетического кода, который прилетел по березовому интернету, билдим проект на 100 метров, получается семечко потенциально более успешной березоньки (лучше выживаемость и распространяемость).

Понятно, что с расстоянием, да и со временем жизненные условия меняются. Поэтому принимая инфу от более процветающих особей шансы процветать самому и больше распространиться гораздо выше.

При этом мужские цветки работают как передатчик, женские как приемник. Часто и передатчик (тычинки) и приемник (пестик) находятся в одном цветке.


Так как же интернет влияет на размножение человека?

Да также как с растениями: чтобы узнать, кто сейчас процветает, а кто чахнет нужно посмотреть в интернете и сделать выводы кого лучше использовать для размножения, а кого нет.

Сейчас лучше размножаться с айтишниками, а не с биологами (лучше выживаемость и разъезжаемость).
Мальчики, девочки имейте это ввиду. Ничего личного, только тренды.


PS: Если милостивые дамы и господа нашли ошибки в моих расчетах, то прошу покорнейше уточнить их в комментариях.

Если дочитали до этого места, то вы обязаны жениться посмотрите другие мои статьи:

1. Как я превратил обычный бизнес в IT компанию, читая книги

2. Я научился выигрывать переговоры и заработал проблемы с сердцем

3. Без ТЗ: почему клиент не хочет его

Показать полностью 1
[моё] IT Интернет Размножение Сети Гены Генетика Математика Математический юмор Занимательная математика Занимательная ботаника Айтишники Наука Биология Образование Экология Забавное Биоинформатика Ботаника Длиннопост
3
13
feretina
2 года назад

Последний вагон для абитуриентов биологических специальностей⁠⁠


Для тех, кто мечтал стать биологом, биоинформатиком и биоинженером, но в этом году что-то пошло не по плану и на бюджет поступить не удалось, есть шанс вскочить в последний вагон и поступить на направление "Биоинженерия и биоинформатика" в Политехнический университет Петра Великого в Петербурге на договорной основе.
Политех - это один из первых технических ВУЗов, где появилось сначала генетическое, а затем и молекулярно-биологическое направление. А выпускники Политеха в области компьютерных наук всегда высоко ценились. Именно по сумме этих двух причин и родилось направление "Биоинженерия и биоинформатика" на базе Политехнического университета в Петербурге. Подробная информация для абитуриентов здесь:
https://ibmst.spbstu.ru/info/9/
и
https://m.vk.com/wall-202582583_279
Надеюсь, этот пост будет полезен для абитуриентов.

Поступление в ВУЗ Политех Санкт-Петербург Биология Молекулярная биология Биоинформатика Биоинженерия Вуз Текст
15
49
NaukaPRO
NaukaPRO
2 года назад
Лига биологов
Серия Биология

Системная биология | Лекции по биоинформатике – биоинформатик Михаил Гельфанд | Научпоп⁠⁠

Что представляет собой системная биология? Как развивалась и менялась в течение времён эта научная дисциплина? Как изучается работа генов в организме? Что изучает и на какие вопросы отвечает молекулярная биология? Как определяется интенсивность работы генов? С какими трудностями в исследованиях сталкивается системная биология? Рассказывает Михаил Гельфанд, биоинформатик, доктор биологических наук, кандидат физико-математических наук, руководитель магистерской программы «Биотехнологии» Сколтеха, профессор кафедры технологий моделирования сложных систем в Высшей школе экономики.

Показать полностью
[моё] НаукаPRO Наука Исследования Научпоп Михаил Гельфанд Биоинформатика Биоинженерия Биология Молекулярная биология Эволюционная биология Биологи Ученые Видео YouTube
2
40
fakir22
fakir22
3 года назад
Лига изобретателей

Как читают ДНК. Патент US5302509A⁠⁠

Как читают ДНК. Патент US5302509A Изобретения, Биотехнологии, ДНК, Секвенирование, Секвенсор, Биоинформатика, Медицина, Длиннопост

Если бы прогресс в ракетостроении был бы таким, как в чтении ДНК, то у каждого сейчас был бы персональный космический корабль! На первое секвенирование генома человека было потрачено $3 миллиарда и продолжалось оно около 15 лет. Сейчас это стоит $1000 и делается за пару дней.


Все секвенциальные машины сейчас производит компания Illumina. Никто ничего лучшего придумать не может. Про технологию этой компании я и расскажу в посте.


Основная идея метода была описана еще в 1989 году в патенте "Метод секвенирования полинуклеотидов".


В этом методе предлагается разделить двойную спираль ДНК на одиночные "нитки", "пришить" их c одного конца к твердой поверхности, добавить ДНК-полимеразу, которая прицепится к противоположному концу и начнет "ремонтировать" ДНК, достраивая вторую цепь. (Для тех кто знает - да это ПЦР).


Обычно полимераза быстро двигается вдоль одиночной цепи ДНК, останавливается на каждой "букве", подбирает подходящую (комплементарную) "букву" для второй цепи из окружающего раствора и присоединяет ее к концу второй цепи. Вторая цепь строится строго по правилу "комплементарности" - напротив "A" одной цепи, должно быть "T" другой цепи, а напротив "G" должно быть "C".


Однако здесь в качестве "строительного материала" для второй цепи предлагается использовать модифицированные "буквы" (нуклеотиды). Во первых, к ним приделана цветная метка, причем у каждой буквы свой цвет. А во вторых, они останавают работу полимеразы, как только она добавляет их в цепь. Полимераза "застревает" на только что пришитой "букве" и процесс встает "на паузу".

В этот момент мы смываем весь "свободный строительный материал" и фотографируем под микроскопом поверхность с прикрепленной ДНК. Получается вот такая картинка:

Как читают ДНК. Патент US5302509A Изобретения, Биотехнологии, ДНК, Секвенирование, Секвенсор, Биоинформатика, Медицина, Длиннопост

Цветные точки - это буквы "застрявшие" в полимеразе, прикрепленной к ДНК. По цвету мы можем определить, где какая "буква" застряла.


Затем заливаются реагенты, которые убирают все модификации у застрявшего "стройматериала", снова добавляют цветной "стройматериал", полимераза делает шаг, встраивает следующую "букву" и опять "застревает".

Опять все смываем, фотографируем поверхность и определяем буквы, которые "застряли" на следующем шаге в тех же точках.

И т.д.

Как читают ДНК. Патент US5302509A Изобретения, Биотехнологии, ДНК, Секвенирование, Секвенсор, Биоинформатика, Медицина, Длиннопост

Весь этот процесс делается секвенатором автоматически.


Циклы секвенатор повторяет раз 150-300. Таким образом мы читаем кусочки ДНК длиной 150-300 "букв". (Больше не получается, так как падает качество чтения.) Но метод позволяет читать много молекул параллельно. Современная Illumina секвенсор способен читать миллиарды молекул параллельно!!! Мы можем разрезать длинную ДНК на небольшие молекулы, прочитать их, а затем специальной программой собрать прочитанные кусочки вместе.


Одного запуска секвенатора вполне хватает на чтение десятка человеческих геномов, причем каждый еще будет прочитан много раз (это делается, чтобы скорректировать ошибки чтения).

Вот как выглядит самый маленький, "лабораторный" секвенатор, способный прочитать "только" 25 миллионов молекул за запуск.

Как читают ДНК. Патент US5302509A Изобретения, Биотехнологии, ДНК, Секвенирование, Секвенсор, Биоинформатика, Медицина, Длиннопост

Кто-то может засомневаться и подумать, что даже в микроскоп увидеть свечение одной молекулы невозможно (или крайне сложно). И будет прав! Я упустил важную деталь. В самом начале, после прикрепления ДНК к поверхности и перед началом чтения запускается специальный процесс ПЦР, который делает тысячи копий прикрепленной ДНК, причем копии остаются прикрепленными практически в той-же точке. Т.е. цветная точка - это тысячи одинаковых молекул и их вполне видно в простой микроскоп.


PS.

Планирую набросать постов по статистическому анализу (по опыту знаю, что даже технари это практически не изучают). В какое сообщество писать еще не знаю, так что подписывайтесь на меня, кому интересно.

Показать полностью 4
[моё] Изобретения Биотехнологии ДНК Секвенирование Секвенсор Биоинформатика Медицина Длиннопост
54
20
Programma.Boinc
Programma.Boinc
3 года назад

Представлен российский суперкомпьютер «Тераграф» с уникальной архитектурой⁠⁠

Министерство науки и высшего образования Российской Федерации (Минобрнауки) сообщает о том, что в Московском государственном техническом университете (МГТУ) им. Н.Э.Баумана созданы первые в мире микропроцессор и суперкомпьютер, в которых на аппаратном уровне реализован набор команд дискретной математики DISC (Discrete Mathematics Instruction Set).


Вычислительный комплекс получил название «Тераграф»: он предназначен для хранения и обработки графов сверхбольшой размерности. Применять суперкомпьютер планируется для моделирования биологических систем, анализа финансовых потоков в режиме реального времени, для хранения знаний в системах искусственного интеллекта и пр.


В основу комплекса положен уникальный микропроцессор «Леонард Эйлер» (Leonhard), который содержит 24 специализированных гетерогенных ядра DISC Lnh64. Чип берёт на себя ту часть вычислительной нагрузки, с которой плохо справляются традиционные процессоры или ускорители.


Отмечается, что «Леонард Эйлер» занимает в 200 раз меньше ресурсов кристалла, чем один микропроцессор семейства Intel Xeon. Энергопотребление при этом меньше на порядок. Тактовая частота решения составляет около 200 МГц. Благодаря параллелизму при обработке сложных моделей данных процессор способен обрабатывать до 120 млн вершин графов в секунду.


Что касается системы «Тераграф», то она может работать с графами сверхбольшой размерности — до одного триллиона вершин. Такие графы могут использоваться при анализе больших данных в биоинформатике, медицине, системах безопасности городов, компьютерных сетях, финансовом секторе, при контроле сложного промышленного производства, для анализа информации социальных сетей и во многих других областях.

https://minobrnauki.gov.ru/

https://3dnews.ru/973284/otechestvennie-mikroprotsessori-bil...

Представлен российский суперкомпьютер «Тераграф» с уникальной архитектурой Наука, Компьютер, Биоинформатика, Медицина, Леонард Эйлер
Показать полностью 1
Наука Компьютер Биоинформатика Медицина Леонард Эйлер
4
11
DELETED
3 года назад

И так всегда...⁠⁠

И так всегда...
Биоинформатика Туториал Анализ данных
2
105
DELETED
3 года назад
Наука | Научпоп

Александр Панчин о том, как биоинформатика помогает лечить болезни⁠⁠

Какая наука совмещает знания биологии, математики, генетики и IT? Правда ли, что с помощью одного только компьютера можно проанализировать геном любого вируса или бактерии? Наконец, почему популяризировать науку сегодня так же важно, как создавать лекарства и вакцины?


Новый «Толк» о том, как биоинформатика помогла вылечить болезни, которые считались неизлечимыми и понять истинное происхождение многих вирусов, в том числе и SARS-CoV-2. Почему молодые ученые приходят в биоинформатику сегодня? И что вообще сегодня значит — быть молодым ученым в России? Об этом и многом другом нам рассказал Александр Панчин — кандидат биологических наук, биоинформатик, популяризатор науки и первый герой из цикла «Новые русские ученые».

00:00 - Интро

00:28 - Что такое биоинформатика?

01:42 - Путь Александра Панчина к биоинформатике

02:36 - Как биоинформатика помогает изучать коронавирус сегодня?

03:07 - Гипотезы происхождения коронавируса

04:03 - Статья Панчина о мутациях коронавируса

07:05 - Почему так быстро удалось сделать вакцину от коронавируса

08:18 - Могут ли клетки «заразного» рака рассматриваться как независимые «паразиты»?

09:14 - Примеры, когда рак продолжал существовать после гибели хозяина

10:00 - Существуют ли многоклеточные организмы, которые произошли из раковых клеток?

12:36 - Какую роль играют современные технологии в биоинформатике

13:10 - Болезни, которые теперь поддаются лечению, благодаря развитию генетики и биоинформатики

14:00 - Что такое генная модификация?

14:51 - Почему Александр Панчин решил заниматься наукой в России

Показать полностью
Александр Панчин Научпоп Биоинформатика Ученые Коронавирус Генетика Мутация Вакцинация Рак и онкология Генная модификация Видео
7
Посты не найдены
О нас
О Пикабу Контакты Реклама Сообщить об ошибке Сообщить о нарушении законодательства Отзывы и предложения Новости Пикабу Мобильное приложение RSS
Информация
Помощь Кодекс Пикабу Команда Пикабу Конфиденциальность Правила соцсети О рекомендациях О компании
Наши проекты
Блоги Работа Промокоды Игры Курсы
Партнёры
Промокоды Биг Гик Промокоды Lamoda Промокоды Мвидео Промокоды Яндекс Директ Промокоды Отелло Промокоды Aroma Butik Промокоды Яндекс Путешествия Постила Футбол сегодня
На информационном ресурсе Pikabu.ru применяются рекомендательные технологии