Фернандо родился в городе Медельин, королевства Кастилия, в обедневшей дворянской семье, его отец дослужился в пехоте до чина капитана.
По материнской линии Фернандо приходился троюродным братом другому испанскому конкистадору Франсиско Писарро.
Будущий завоеватель Мексики рос болезненным и слабым ребенком, родители, пестуя хилого мальчика, желали для него карьеры юриста или священника.
В 14 лет он поступил в прославленный университет Саламанки, столпами которого были факультеты права и теологии, тут юноша стал изучать юриспруденцию.
Терпения Кортеса хватило ровно на два года, после чего он забросил учебу и поступил на службу в севильскую нотариальную контору. Работа тяготила 16 летнего обладавшего взрывным темпераментом Кортеса.
В 1506г. он перебрался в город Санто-Доминго, основанный в 1496 Бартоломео Колумбом, младшим братом Христофора. По прибытию в Новый свет Фернандо получил от дальнего родственника, губернатора Овандо, право на постройку дома, слуг индейцев и должность нотариуса.
Четыре года спустя освоившись в новом мире, Фернандо вступил в отряд Диего Веласкеса, собранный для покорения Кубы. После подчинения коренного населения острова, Кортесу по системе репартимьенто (распределение) предоставили в пользование рабов индейцев, плантации и небольшие золотые прииски.
Количество выделенных ему невольников не устроило горячего испанца, что привело к серьезному конфликту с губернатором острова. Фернандо дважды арестовывали, но относились к нему лояльно, поскольку он был женат на родственнице губернатора.
Наняв корабельную команду и солдат, в ноябре 1518г. он отбыл с экспедиционным отрядом к берегам Юкатана, в его отряд вошли 700 испанцев, 200 подневольных индейцев и негров, 30 лошадей и 10 небольших пушек.
В марте 1519г. Кортес присоединил Юкатан к испанским владениям. Продвигаясь вдоль побережья, он напал на индейское поселение, вожди которого, оценив силу испанцев, откупились от пришельцев золотом и молодыми девушками. Одну индианку звали Малинче, она стала наложницей Кортеса, и «прославилась» как донья Марина.
Через 16 месяцев на побережье Мексиканского залива конкистадор основал порт-город Веракрус, и двинулся вглубь страны.
Однажды испанцы увидели перед собой незнакомый индейский город, оказавшийся столицей народа тотонаков, люто ненавидевших своих соседей ацтеков. Кортес приказал солдатам не причинять вреда местным жителям, это позволило ему заключить военный союз с местными вождями против ацтеков.
Кортес пообещал тотонакам независимость.
В августе 1519г., 600 испанцев при поддержке 15 000 тотонаков выступили в поход на столицу ацтеков, город Теночтитлан. Достигнув Чолулы, второго по величине города в империи, Кортес приказал войскам во время штурма пленных не брать.
Позже он вспоминал, что ему померещилось, что местные жители хотели перебить его отряд, заманив конкистадоров в засаду.
В начале ноября 1519 г. испанцы вошли в Теночтитлан, где их ждал радушный приём устроенный правителем Монтесумой II. Вместе со жрецами он принял испанцев за давно ожидаемых посланцев бога Кецалькоатля.
Шли месяцы и вскоре гонцы, посланные вождями тотонаков, сообщили Кортесу, что Веракрус подвергся нападению. Фернандо приказал захватить в заложники Монтесуму, которого испанский священник убедил присягнуть королю Карлу V.
На следующий день с террасы дворца, правитель ацтеков обратился к народу с призывом принести клятву верности испанскому королю. Для индейцев, успевших за 8 месяцев распробовать прелести испанского правления, этот призыв оказался сродни удару молнии.
Императора закидали камнями, один из них размозжил правителю голову, в городе началось восстание. В ночь на 1 июля 1520г. испанцы отступили из Теночтитлана, бросив все награбленное золото и артиллерию.
Конкистадоры назвали это бегство «Ночью печали». Точных цифр потерь испанцев нет, но сам Кортес говорил о 150 погибших. Дойдя до союзного горда Тласкала, завоеватели стали готовиться к новому походу.
Кортеса выручило прибывшее с Кубы подкрепление, в его отряде вновь появилась артиллерия.
В мае 1521г., подступив к Теночтитлану, испанцы начали осаду города. Союзные вожди отправили в поход против ацтеков 150 000 воинов.
Выдержав трехмесячную осаду, 13 августа 1521г. Теночтитлан пал.
Кортес стал единоличным правителем Мексики, это не понравилось испанскому королю, он послал к удачливому завоевателю чиновничий десант, призванный укрепить королевскую власть, выстроить административную систему, и ограничить всевластие Кортеса.
На руинах Теночтитлана строился новый город Мехико, в котором Фернандо планировал возвести 365 католических храмов, по количеству дней в году. Он стал массово ввозить в Мексику африканских рабов для работы на сахарных плантациях.
Получив донос о том, что Кортес вынашивает планы расправы с кубинским губернатором Веласкесом, Карл V подписал приказ о лишении его всех полномочий, а в 1527г. вызвал конкистадора в Испанию. Прибыв на родину, Кортес ответил на все вопросы дознавателей, и получил аудиенцию у короля.
Монарх возвел его в звание рыцаря ордена «Сантьяго де Компостела», и пожаловал титул маркиза долины Оахака, с передачей всех земельных угодий долины роду Кортесов.
В 1530г. Кортеса назначили военным губернатором Мексики, ему предстояло править совместно с гражданским губернатором Антони де Мендоса. Однако в 1541г. в отношении Кортеса вновь началось следствие, его вновь отозвали в Испанию. В этот раз Фернандо пришлось приложить титанические усилия, чтобы получить аудиенцию короля.
Позже при испанском дворе разнесся слух, что, устав ожидать приема, Кортес во время выхода короля, растолкал придворных и гордо подошел к Карлосу I. Испуганный монарх воскликнул: «Кто вы такой», на что конкистадор, гневно ответил: «Я воин, который подарил Вашему Королевскому Величеству больше стран, чем ваши предки передали вам в управление городов!!!».
В 1541 г. Кортес участвовал в походе испано-генуэзского экспедиционного корпуса созданного с целью покорения Алжира. Экспедиция закончилась неудачей, Фернандо, вложивший в дело значительные средства, подал иск королевскому казначею с требованием вернуть ему деньги.
Кто знает, чем бы закончилось это разбирательство, не скончайся Кортес 2 декабря 1547г. от дизентерии недалеко от Севильи.
Согласно завещанию Фернандо Кортеса, маркиза Оахака похоронили в Мексике.
Бренные останки конкистадора перезахоранивали 8 раз. Последний раз его прах погребли в 1981г., после того как лидеры мексиканских индейских националистов пообещали их уничтожить. Сегодня место последнего упокоения Фернандо Кортеса держится в секрете.