Что мы знаем и чего не знаем об «индийском» варианте коронавируса в России
В России — третья волна коронавирусной пандемии. Одновременно с этим вирусологи стали чаще встречать в биоматериале больных россиян вариант B.1.617.2 (он же «индийский вариант», он же «дельта» по новой классификации ВОЗ). Связаны ли эти события? И правда ли новый вариант опаснее других? Рассказываем, что об этом думают исследователи коронавируса в России и что мешает им давать точные оценки.
Много ли в России «дельты»?
«Дельта» стремительно вытесняет из популяции своего предшественника, «альфу» (он же B.1.1.7, он же «британский» вариант, мы писали о нем в материале «У нас новенький»). По подсчетам консорциума CoRGI, российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов, с мая по июнь доля «дельты» в России стала больше почти в два раза. Если в мае в Санкт-Петербурге ее обнаружили в 239 из 453 секвенированных образцов, то в июне — уже в 22 из 24, то есть новый вариант ответственен более чем за 90 процентов заражений.
Эти данные отражают, конечно, не текущее положение дел, а ситуацию несколько недель назад. «Когда я говорю „данные по июню“, я говорю о датах получения образцов, — поясняет эволюционный биолог Георгий Базыкин из Сколтеха. — Получить вирусную РНК, сделать ампликоны, библиотеки, отсеквенировать, обработать, положить в базу данных.... Сейчас для таких регионов, в которых хорошо организована логистика — Москва и Санкт-Петербург — это занимает считанные недели».
Поэтому предположительные 90 процентов «дельты» — это уже несколько устаревшие данные, возможно, полученные даже до резкого всплеска числа заболеваний в России.
Как менялась доля «британского» (красный) и «индийского» (зеленый) варианта SARS-CoV-2 в России в 2021 году по данным GISAID
Так ли это в других регионах?
В своих подсчетах консорциум использует только те вирусные геномы, которые выложены в открытый доступ — базу данных GISAID (которая изначально появилась для того, чтобы ученые отслеживали распространение новых вариантов гриппа по миру). Но туда попадает далеко не все, что секвенируют в России.
«Есть постановление правительства, по которому все результаты секвенирования SARS-CoV-2 в России должны поступать в Роспотребнадзор, поэтому они должны видеть всю картину, — говорит Базыкин. — Насколько я знаю, у них есть собственная база данных. Но только часть того, что есть у них, поступает в GISAID, и никакого собственного открытого реестра вариантов они, насколько мне известно, не ведут. Возможно, их данные помогают начальникам принимать решения. Но чтобы российские варианты могли исследовать не только те, кто работает в этом ведомстве, нужны исходные данные, а не только пресс-релизы».
Поэтому CoRGI приходится довольствоваться неполными данными.
«Прочитанные геномы — это крошечная доля от всех случаев инфекции в России, — продолжает Базыкин. — В GISAID сейчас чуть больше, чем четыре с половиной тысячи случаев (4 708 — N + 1), а всего зарегистрировано более пяти миллионов заражений. То есть речь идет о сотых долях процента, в то время как в Великобритании прочитано около десяти процентов. Кроме того, по большинству регионов у нас нет вообще никакой текущей информации. Все, что есть по июню в открытом доступе — это Санкт-Петербург. И это большая проблема».
Степень «популярности» дельта-варианта в странах мира по данным GIDAID: чем темнее цвет, тем больше доля «индийца». Данные на 17 июня 2021 года
outbreak.info
Так что о том, насколько распространен «индиец» в остальной России, можно только гадать. По словам Базыкина, в Москве, скорее всего, дело обстоит примерно так же, как в Санкт-Петербурге — возможно, «не настолько экстремально», но дельты, по мнению ученого, и там должно быть очень много.
Но в других регионах ситуация может сильно отличаться от Петербурга и Москвы, считает Андрей Комиссаров, заведующий лабораторией молекулярной вирусологии Института Гриппа им. Смородинцева в Санкт-Петербурге. «В регионах, особенно с небольшим населением и плохой связью со столицами дольше сохраняются эндемичные штаммы, — поясняет он, — и завозные варианты приходят туда позже».
Связан он с третьей волной ковида хотя бы в Санкт-Петербурге?
Базыкин считает, что рост числа случаев хотя бы отчасти можно объяснить распространением индийского варианта. С ним согласен и Комиссаров: «B.1.617.2 несет ряд замен, ассоциированных со снижением нейтрализации сыворотками реконвалесцентов (то есть переболевших ковидом — прим. N + 1) и привитых». В то же время он напоминает, что некоторые из этих замен встречались и раньше, например, у «южноафриканца» (он же «бета», он же B.1.351) — но он в России закрепиться не смог.
Но подтвердить связь между распространением дельты и третьей волной можно только в том случае, если выборка в GISAID отражает ситуацию в остальной популяции. В какой степени она решает эту задачу, пока неясно. По словам Базыкина, в базу попадают геномы из нескольких источников: это и клинические лаборатории, в которые приходят люди с легкими симптомами или вообще без симптомов ковида, и больницы, где оказываются более тяжелые случаи. Комиссаров уточняет: попадет образец в общую базу данных или нет, определяет его «качество» — в нем должно быть много вирусной РНК, чтобы его признали пригодным для секвенирования.
Однако в GISAID нет данных о том, от какого конкретно пациента получен тот или иной вирусный геном, нет информации о его поле, возрасте и социальном статусе. «GISAID не построен таким образом, чтобы выборка была именно репрезентативна, — объясняет Базыкин. — Но это лучшая оценка, которая у нас сейчас есть. О несбалансированности выборки можно будет волноваться, когда будет что-нибудь. А пока по большинству регионов нет ничего».
Тем не менее ученый отмечает, что частота встречаемости дельты от мая к июню различается настолько сильно, что, скорее всего, речь идет именно о динамике случаев в регионе, а не о неравномерности выборки.
Он опаснее предыдущих?
Корреляция это еще не каузальная связь: даже если появление нового варианта в популяции совпадает с ростом числа заболевших, это еще не значит, что дело именно в нем. Во вспышке могут быть виноваты и другие факторы, вроде безуспешной кампании по вакцинации или массовых мероприятий (на них списывали, например, третью волну ковида в Индии).
Чтобы выяснить наверняка, кто виноват, нужно подсчитать, какова доля носителей нового варианта среди всех заболевших или оказавшихся в больнице. Медицинскую информацию о донорах образцов в России тоже собирают, но в открытый доступ она не попадает. По словам Комиссарова, Институт Гриппа поставляет в GISAID около 70 процентов «российских» геномов, а в мае и июне большинство из них были получены из петербуржских больниц: Городской больницы № 40 и Боткинской больницы. Поэтому 90 процентов носителей дельта-варианта коронавируса, скорее всего, относятся к случаям с тяжелым течением болезни — что, вероятно, мешает считать эту выборку репрезентативной даже среди заболевших ковидом в Петербурге.
Все, что мы сегодня знаем о свойствах «дельты», известно исключительно благодаря исследованиям из Великобритании, где «индийца» засекли еще в конце марта, за два месяца до России. Например, ученые подсчитали, с какой вероятностью вирус передается от одного заболевшего члена семьи к другим. Оказалось, что дельтой дома заражаются на 64 процента чаще, чем «британской» альфой. Подсчеты на других выборках дают результаты от 30 до 100 процентов.
Кроме того, по данным из Шотландии, заражение дельта-вариантом в два раза чаще приводит к госпитализации, чем заражение альфа-вариантом. А еще британские власти заметили, что «дельта» чаще поражает старшеклассников и молодых людей и реже всего — людей старше 70. Но это может быть связано не с особенностями вируса, а с графиком вакцинации: пожилых людей в Великобритании прививали первыми, а несовершеннолетних вакцинировать до сих пор не разрешили.
Помогают ли от него вакцины?
Ни про одну из российских вакцин это пока доподлинно не известно. Впрочем, про две из них, «ЭпиВакКорона» и «КовиВак», неясно и то, эффективны ли они против предыдущих вариантов вируса. А создатели «Спутника V» утверждают, что их разработка справляется с дельта-вариантом лучше прочих вакцин — но эти данные до сих пор не опубликованы. Из предварительных данных, которые сотрудники Центра Гамалеи представили на онлайн-семинаре 15-го июня, следует только, что антитела нейтрализуют «дельту» примерно в два раза хуже, чем «обычный» коронавирус — но исследователям это снижение «не кажется критическим».
Нейтрализующая активность антител, полученных после инъекции «Спутника V», при взаимодействии с разными вариантами SARS-CoV-2. Вариант «альфа» — крайний левый, «бета» — по центру, «дельта» — крайний справа.
Однако лабораторные проверки дают ответ не совсем на тот вопрос, который интересует нас: они позволяют только оценить, во сколько раз больше по сравнению с прежними вариантами понадобится антител, чтобы нейтрализовать дельта-вариант. Но мы до сих пор не знаем, какой минимальный титр необходим, чтобы защитить человека от предыдущих вариантов.
Кроме того, иммунные системы вакцинированных людей производят разное количество антител, поэтому на основе лабораторных данных невозможно сделать точный прогноз устойчивости привитой популяции к новым вариантам — только предположить, что она будет болеть дельта-вариантом несколько чаще.
Полевые данные получили пока тоже только в Великобритании. Подсчитав, сколько людей заражаются альфа- и дельта-вариантами после вакцинации, врачи резюмировали, что вакцины защищают от «дельты» не намного хуже, чем от «альфы»: эффективность составила 87,9 процента против 93,4 для разработки Pfizer/BioNTech и 59,8 процента против 66,1 для вакцины от AstraZeneca.
***
Cейчас Россия, скорее всего, уже присоединилась к странам, в которых дельта-вариант вытеснил своего предшественника, «альфу». И хотя «индиец», по последним подсчетам ВОЗ, проник уже в 80 стран мира, победу над своим «британским» соперником он одержал далеко не везде (кроме России, Великобритании и Индии, в этом списке, например, еще Канада, Финляндия, Португалия, Сингапур).
Почему в остальных странах ему победить не удалось, пока неясно. Вероятно, это может быть связано с числом завозов, пожимает плечами Базыкин. Или с количеством привитых людей — ученый предполагает, что «дельте» может быть проще обыграть «альфу» в более иммунизированных популяциях, за счет того что «индиец» чаще уходит от антител, полученных в результате вакцинации или болезни.
Первое, судя по всему, произошло в Великобритании. Правда, это едва ли случай России — по доле привитых людей мы скорее ближе к Индии: по последним данным, в нашей стране привито около 10 процентов населения.
