Горячее
Лучшее
Свежее
Подписки
Сообщества
Блоги
Эксперты
Войти
Забыли пароль?
или продолжите с
Создать аккаунт
Я хочу получать рассылки с лучшими постами за неделю
или
Восстановление пароля
Восстановление пароля
Получить код в Telegram
Войти с Яндекс ID Войти через VK ID
Создавая аккаунт, я соглашаюсь с правилами Пикабу и даю согласие на обработку персональных данных.
ПромокодыРаботаКурсыРекламаИгрыПополнение Steam
Пикабу Игры +1000 бесплатных онлайн игр
Болты и гайки - это головоломка, в которой вам нужно откручивать болты с досок! Ваша задача - выбрать правильный болт для откручивания, чтобы вы могли открутить все доски! Соревнуйтесь с друзьями и коллегами!

Болты и Гайки

Казуальные, Головоломки, Логическая

Играть

Топ прошлой недели

  • CharlotteLink CharlotteLink 1 пост
  • Syslikagronom Syslikagronom 7 постов
  • BydniKydrashki BydniKydrashki 7 постов
Посмотреть весь топ

Лучшие посты недели

Рассылка Пикабу: отправляем самые рейтинговые материалы за 7 дней 🔥

Нажимая кнопку «Подписаться на рассылку», я соглашаюсь с Правилами Пикабу и даю согласие на обработку персональных данных.

Спасибо, что подписались!
Пожалуйста, проверьте почту 😊

Новости Пикабу Помощь Кодекс Пикабу Реклама О компании
Команда Пикабу Награды Контакты О проекте Зал славы
Промокоды Скидки Работа Курсы Блоги
Купоны Biggeek Купоны AliExpress Купоны М.Видео Купоны YandexTravel Купоны Lamoda
Мобильное приложение

Журнал Nature

13 постов сначала свежее
1n0n
1n0n
2 месяца назад

Почему-то уважаемые ученые из Nature назвали мой тип личности "примером для подражания", интересно⁠⁠

1/2

https://www.nature.com/articles/s41562-018-0419-z

Показать полностью 2
Обсуждение Исследования Журнал Nature
0
268
scinquisition
scinquisition
Научно-популярный контент 18+!
Наука | Научпоп
Серия О науке интересно
11 месяцев назад

Гранты, деньги, два журнала. Инсайды о научных изданиях⁠⁠

Из этого поста вы узнаете:

  1. Как учёные пишут научные статьи — и как журналы их проверяют;

  2. Почему университеты платят миллионы долларов за подписку на статьи, написание которых они же и финансировали;

  3. Следит ли кто-нибудь за тем, чтобы учёные не писали всякую ерунду — и кто им за это платит;

  4. Правда ли, что мир научных журналов — это «научное лобби», где «всё захвачено»?

Каким был мой первый раз? Самую первую свою научную статью я опубликовал в 2008 году. Она называлась «Мусорные EST человека: последовательности из библиотек К-ДНК, которые не совпадают со сборкой генома». Мы взяли базу человеческого генома, то есть всю нашу ДНК — 3 миллиарда нуклеотидов. Потом взяли базы данных с образцами человеческой РНК. И стали смотреть: нет ли в базах РНК генов, которые не встречаются в геноме, в ДНК. Это было бы странно: ведь РНК копируется с ДНК. А значит, если мы найдём такие странные гены, то это одно из двух: либо произошла ошибка, загрязнение образцов посторонним материалом (поэтому «мусорные EST»). Либо мы открыли новые гены человека. Это интригует!

И мы действительно нашли в базах данных 11 000 последовательностей РНК, которых нет в геноме. Правда, в итоге оказалось, что это были в основном загрязнения образцов — гены от разных бактерий, растений и животных. Но было ли это неудачей? Нет. Мы снова убедились, что геном прочитан достаточно точно. А ещё показали, что в базах РНК довольно много мусора — и смогли его классифицировать.

Вот такой была моя первая научная работа: небольшая, скромная, но в нормальном, международном рецензируемом научном журнале. Маленький кирпичик в огромном здании науки. И уже тогда я понял, что нужно невероятное количество усилий и времени, чтобы написать даже коротенькую научную статью. Смотрите: год ты готовишь материалы для статьи. Потом ещё в течение года переписываешься с журналом, отвечаешь на замечания рецензентов, дорабатываешь текст. Так вышло и с этой статьёй: начал я её на 3 курсе, а вышла она, когда я уже шёл на диплом.

При этом параллельно я уже был научно-популярным журналистом, писал для крупных изданий — «Вокруг Света», «Популярной механики», Forbes. И по сравнению с научной статьёй написать научно-популярный материал — почти три секунды! Пару дней подбираешь материал и пишешь текст, ещё несколько дней редактируешь и проверяешь факты. А через неделю статья уже напечатана. Поэтому, когда говорят, что учёный написал научную статью, нужно понимать, что за этим чаще всего стоит. Некоторые статьи пишутся годами. Это совсем не то же самое, что пост в блоге о том, как ты провёл лето.

Возникает вопрос: если проще написать статью о науке в известное СМИ, причём её прочтёт в несколько тысяч раз больше людей — зачем заморачиваться с научными журналами? А я вам отвечу: например, чтобы о вашей работе узнали профильные специалисты.

Вот самый известный научный журнал — Nature. Известный он не только потому, что на слуху и давно издаётся — существуют специальные метрики, по которым можно доказать его крутость. Например, h-индекс, он же индекс Хирша. У Nature он самый высокий из всех научных журналов: 1331. Что это значит? За время существования этого журнала вышло не меньше 1331 статьи, каждую из которых процитировали в других статьях не менее 1331 раза.

Например, вы учредили журнал, опубликовали три статьи. Одну процитировали 5 раз, другую 2 раза, а третью не цитировали. Тогда у журнала будет h-индекс 2: две статьи процитировано 2 раза или больше. Так что Nature — топ из топов. На втором месте по h-индексу — журнал Science, на третьем — New England Journal of Medicine. И уже ниже Cell, The Lancet и другие.

Даже если вы никогда не открывали научных журналов, вы наверняка слышали о работах, которые опубликованы в журнале Nature:

  • Впервые прочтён геном человека — это Nature;

  • Клонирование овечки Долли — Nature;

  • Молекула ДНК — это двойная спираль — Nature;

  • Расшифрован геном неандертальца — журнал Nature;

  • Открытие тектонических плит — журнал Nature;

  • Впервые расщеплено ядро атома — журнал Nature;

  • Нейтрон, пульсары, озоновая дыра — Nature, Nature, Nature.

Короче, совершил революционное открытие, метишь на Нобелевскую премию, хочешь стать великим — неси статью в Nature. Но, надо сказать, даже в таком топовом журнале порой публикуется лажа — каждый год из издания отзывают 5-6 статей с ошибками, плагиатом, недочётами или подлогами. Кто-то скажет: «Вот видите, ваш хвалёный научный журнал отозвал статью, переобулся». Но это скорее признак здоровья журнала. Это значит, что его редакция бережно относится к своей репутации: неудачную статью отозвали и объявили об этом публично, на весь мир. Наука не про то, чтобы никогда не ошибаться. Она про то, чтобы исправлять ошибки.

Итак, вы решили опубликовать научную статью. Как устроена вся эта система? Давайте проследим весь процесс от начала и до конца. Итак, допустим, вы провели исследование: получили новые результаты, проверили свою гипотезу. Теперь это надо записать в специальном формате.

  • Вам надо написать «абстракт», краткое содержание;

  • Потом введение — это история вопроса и обзор литературы;

  • Дальше самое важное — описание метода (что и как вы делали) и результатов (часто без толкований, только факты и цифры);

  • А затем обсуждение (то есть ваше мнение, как толковать результаты, сравнение с другой литературой) и выводы.

В идеале вам надо писать статью на английском языке. Сейчас 99% всего стоящего в науке публикуется на английском: это lingua franca, общий язык для учёных. Ведь если вы пишете на английском, вас могут читать и цитировать коллеги со всей планеты. И если вы откроете рейтинг топовых научных журналов по цитируемости, то увидите, что в первой сотне всего 2 журнала из неанглоязычных стран (но они тоже издаются на английском языке). Поэтому преподавание английского языка так важно для любой страны, которая стремится быть сильной в науке.

Итак! Статья написана, теперь нужно её опубликовать! Скорее всего, вы ищете самый престижный журнал, который подходит вашей статье по профилю. Допустим, для моей статьи это Journal of Bioinformatics. Что дальше? Присланную статью получает редактор. Пробегает её взглядом, чтобы посмотреть: подходит ли текст к тематике журнала, не явный ли это бред? Редактор отправляет статью нескольким независимым рецензентам. Обычно это уважаемые учёные, причём, как правило, из другого города или даже страны. Нередко это люди из вашего же списка литературы: раз уж вы сослались на них в статье, пусть они и проверят — не чушь ли вы написали?

И тут есть очень важный механизм защиты: чаще всего рецензенты делают свою работу АНОНИМНО. Например, если вы большой начальник, а рецензент ниже вас статусом — вы можете ему за критику отомстить, уволить, оговорить. Как минимум написать ему плохую рецензию в ответ или отказать в гранте. В общем, учёные тоже люди. Поэтому, чтобы рецензент оценивал работу непредвзято, его имя знает только редактор. Но бывает и полностью противоположный подход. Не только имя рецензента известно — его рецензия публикуется рядом со статьёй! Тогда он публично в ответе за рецензию: все могут оценить, справедлива ли критика, что на неё ответил автор и как защитил свою работу.

А как всё это выглядит с точки зрения рецензента? Ну, во-первых, рецензентам ничего не платят. Это добровольная работа, которая отнимает кучу времени и сил. Думали, проверять домашку в школе — это морока? Попробуйте отрецензировать научную статью.

Сначала нужно её внимательно прочитать. Потом вежливо сформулировать, с чем согласен, а с чем — нет. Если не согласен — ты САМ должен найти ссылки и цитаты, залезть в книги и базы данных, обосновать претензию. При этом, в отличие от комментариев в интернете, ваша задача — не обругать, а улучшить статью. Если это в принципе возможно.

Я много раз участвовал в рецензировании. Скажу по своему опыту — всё это ты делаешь по единственной причине. Потому что тебе не всё равно. Ты хочешь, чтобы в твоей области выходили хорошие статьи, а плохие не выходили. Но бывает и так, что приходится зарубить не очень хорошую работу.

У рецензента есть разные опции:

  • Можно одобрить статью: публикуйте как есть, вот мелкие замечания;

  • Можно принять, но на условии, что авторы исправят косяки;

  • Можно отметить, что замечания серьёзные, авторам придётся вернуться в лабораторию и всё доработать;

  • А можно дать категорическое «нет». Статью принимать нельзя, и вот почему (а дальше длинное объяснение).

При этом обычно рецензента два. Если их мнения совпали, редактор следует их решению. А что, если оценки двух рецензентов не совпали? Один сказал: принимать, другой: ни в коем случае. Тогда могут привлечь третьего рецензента!

Гранты, деньги, два журнала. Инсайды о научных изданиях Исследования, Наука, Научпоп, Ученые, Научные журналы, Индекс Хирша, Александр Панчин, Эксперимент, Журнал Nature, Видео, YouTube, Длиннопост

В общем, учёные тратят на рецензирование кучу времени. Многие даже говорят, что процесс этот устарел и тормозит развитие науки. При этом почти все мои научные статьи стали лучше благодаря рецензентам. Хотя однажды мы с рецензентами так глубоко закопались в доработках (там был тот самый «третий рецензент», который попросил «дополнительный анализ»), что они заняли целый год. В итоге у нас иссяк запал, мотивация и время — и мы просто бросили это исследование. Просто выгорели. А буквально недавно я столкнулся с тем, что нашу статью прочитали аж 4 рецензента. Все статью одобрили (не без полезных замечаний, но даже с хвалебными комментариями), но в публикации журнал всё равно отказал. Ну что ж... Всё поправим и будем повторно подавать! Я считаю, что уж лучше так, чем если бы мы просто выпустили халтуру и побежали дальше.

С рецензентами понятно. Теперь вернёмся к автору. Как продраться через рецензирование?

  • Первое. Автор обязан ответить на ВСЕ пункты рецензии. Это не как в интернет-срачах, когда тебе написали полотно, а ты просто отвечаешь «Автор не в теме, учи матчать, сам-то понял что сказал». Любое замечание нужно обсудить, а своё несогласие — обосновать;

  • Второе. Недопустим никакой переход на личности, оскорбления, перепалки, даже подколки — всё, что мы видим в интернет-спорах. Иначе редактор просто пошлёт вас лесом. Поэтому, даже если рецензент написал полную чушь, автор отвечает: «Мы очень благодарны рецензенту за изложение его ценного мнения, но вынуждены не согласиться, исправлять мы это не будем, и вот почему — и дальше пруфы».

Есть миф, который меня очень раздражает: мол, бывают великие учёные современности, недооценённые гении, которые сделали великие открытия, а научных публикаций у них нет. Действительно, бывает такое, что смелая, новая идея сходу не прошла в публикацию. Может, журнал завален заявками. Или рецензент оказался консерватором или дураком. Главный редактор Nature как-то вспоминал, скольким великим открытиям они поначалу отказали. Среди них — технология МРТ (её изобретателю вообще долго не верили), радиация Черенкова, предсказание мезона, даже радиация Хокинга.

Но вот в чём дело: если вашу публикацию не приняли в Nature, можно податься в издание попроще. А потом в другое... третье... Но если ваш великий прорыв в торсионных полях не взял НИ ОДИН научный журнал — значит, дело, скорее всего, не в журналах. А вот если ваша статья хоть сколь-нибудь стоящая, а у вас есть хоть какое-то желание её опубликовать — вы в любом случае её опубликуете. В этом есть и минус: значит, и плохую статью тоже, скорее всего, получится напечатать. Не взяли в первом журнале, пошлём во второй, пятый, десятый — пока не найдём тех, кто её пропустит, не читая. Если что, это не призыв к действию, а описание реальности.

А что, если статью нужно выпустить прямо сейчас? У вас на руках сенсационное открытие, другая команда наступает вам на пятки, счёт идёт на дни... на часы... на секунды! Я в таком не участвовал, но на переднем краю науки такие «гонки на журналах» случаются. Так вот, есть один инструмент, который позволяет застолбить за собой первенство: это препринт (предпечатный вариант статьи). Препринты публикуют на специальных сайтах-репозиториях: например, ArXiv или Research Square. Препринт не учитывается как настоящая публикация: например, по нему обычно нельзя отчитаться по гранту, а цитирование препринтов порой не одобряют.

Но у препринтов есть и плюсы. Так, базовое правило учёных — одну и ту же научную статью нельзя публиковать в нескольких журналах. Это всегда эксклюзив. А препринта это не касается. Ты публично объявил о своих результатах, застолбил открытие. А потом можешь выбирать, в каком издании опубликоваться. Некоторые сервисы препринтов даже имеют механизм автоматической подачи в дружественные журналы — надо только кнопочку нажать. При этом препринт не проверяют рецензенты: ответственность за качество текста несёшь только ты. Это не значит, что можно публиковать любую фигню: на сервисах препринтов довольно строгая модерация. Но науку за тобой они особо не проверяют.

Такая «гонка на препринтах» была во время пандемии ковида. Помните, была шутка про то, как все стали вирусологами? Так вот, это не шутка: буквально все пытались опубликовать препринты про ковид, вирусы и вакцины. Сервисы препринтов были буквально завалены заявками, и им пришлось сильно ужесточить модерацию — чтобы опасная дезинформация не разошлась в обычных новостях. А такое бывает. И если вы видите в СМИ необычные заявления, а ссылка идёт на препринт — знайте, что его не проверяли рецензенты. В настоящий журнал статья может и не пройти.

Зачем вообще учёные публикуют научные статьи? Понт, хайп, деньги? Говорят, что каждый учёный на зарплате у какой-то корпорации, иначе зачем бы им всё это писать?

Есть несколько вполне объяснимых причин, зачем. Во-первых, научные публикации — это и есть результат твоей научной работы. Как фильмы у режиссёра. Или дома у архитектора. Надо понимать, что значительную часть своего рабочего времени учёные читают научные статьи других учёных. А потом обсуждают с другими учёными статьи тех учёных, которых они недавно читали. Поэтому для коллег со всего мира ты существуешь, только если публикуешься.

Во-вторых, научными статьями учёные отчитываются перед теми, кто их финансирует: за научные гранты (в основном от государства), перед институтом или университетом. Так они показывают, что не занимаются фигнёй на рабочем месте. Тут вы можете сказать: получается, любые статьи — заказные, за деньги! Но «заказчик» научной работы чаще всего не влияет на её содержание. Научные фонды не предлагают вам темы, а лишь оценивают ваши заявки — причём делают это обычно всё те же рецензенты из пула самих учёных. И даже когда ты отчитываешься по гранту за деньги, тебя оценивают не чиновники, а твои коллеги-эксперты. А чиновников интересуют только цифры: сколько публикаций, в каких журналах.

В-третьих, публикации — это карьера, престиж. Опубликованную работу могут процитировать. А цитирование — это для учёного типа рейтинга, тебя узнают, приглашают на конференции, предлагают повышение. Поэтому у учёных есть интерес публиковаться чаще. Увы, это одна из причин, почему нередко публикуются и плохие работы.

Подождите, а как же деньги? Как построены финансовые взаимоотношения в научных журналах? Я слышал такой странный миф: что исследования якобы финансируются научными журналами. Написал что-то неугодное «Большой Науке» — и журнал перекрыл тебе финансирование. Но на самом деле журналы не платят учёным за статьи — скорее наоборот, иногда учёные могут приплачивать журналам за публикацию. Чаще всего не из своих личных средств, а из средств госфинансирования. А изначально научные журналы существовали в единственном формате — подписного издания. Читатели платят за подписку, им рассылают напечатанные экземпляры. За счёт подписок редакция оплачивает услуги редакторов, корректоров, верстальщиков, типографии и так далее.

Но если мы посмотрим, сколько сейчас стоит купить доступ к научным журналам, мы немножко офигеем. Для некоторых очень специализированных тематик можно отвалить десятки или даже сотни евро за одну-единственную статью. Да и обычная подписка недешёвая. Например, чтение журнала Nature плюс пакета журналов того же издательства обойдется вам в 25 евро в месяц. Годовая подписка — в 185 евро. И это доступ лишь к относительно новым статьям, с 2017 года.

А доступ к журналам очень важен. Но если бы учёный платил за чтение каждой статьи даже по 10 евро, он бы потратил всю свою зарплату только на материалы для чтения. Вот моя собственная статья в специализированном журнале, Critical Reviews in Biotechnology. Доступ к её скачиванию всего на двое суток обойдется вам в $61. Ну или можно купить весь выпуск журнала — всего за 751 долларов! Ни в коем случае её не покупайте! Из этих 61 долларов я получу ровно ноль центов. Все учёные передают статьи издательствам безвозмездно, никаких авторских отчислений не предусмотрено.

Гранты, деньги, два журнала. Инсайды о научных изданиях Исследования, Наука, Научпоп, Ученые, Научные журналы, Индекс Хирша, Александр Панчин, Эксперимент, Журнал Nature, Видео, YouTube, Длиннопост

Но не буду вас пугать — в реальной жизни учёные не покупают статьи. Обычно они сидят в учреждении, которое само оптом покупает подписки на огромные базы данных журналов и библиотек. А за учреждение платит государство или спонсоры. Просто большие научные издательства, типа Elsevier и Springer, пытаются выжать максимум из своего положения: например, с бедных институтов они берут меньше, а с богатых — больше. И суммы получаются иногда огромные. Например, самые крупные университеты США платят за подписки по 10 миллионов долларов в год. Получается, государство и университеты оплачивают учёным производство текстов, а потом издательские группы продают им доступ к этим же текстам за миллионы долларов. Схема явно не идеальная.

К счастью, есть и другие вполне легальные способы получить научные статьи. Например, существует специальная социальная сеть для учёных ResearchGate. Туда можно бесплатно загрузить статью в открытый доступ. А если по договору с издательством этого сделать нельзя, всё равно можно написать автору (в этой системе или просто на почту), и тот тебе её пришлёт. Это законно. А ещё можно просто попросить коллегу из крупного научного института — он скачает тебе статью или даст по секрету доступ.

Но в целом вся ситуация вокруг доступа к научным статьям крайне сомнительная. Многие жёстко критикуют засилье огромных издательских групп. Действительно, куча денег тратится непонятно зачем. При этом само ограничение доступа к статьям странно — ведь их авторы не получают за них ни копейки. А в итоге доступ к знаниям произвольно ограничивается — если ты учёный из бедной страны или маленького города, ты не можешь читать научные статьи, которые студент в столице получает бесплатно. Поэтому некоторые издательства перешли на новую систему распространения знаний: open access, «открытый доступ».

Все статьи доступны всем бесплатно — но при этом за публикацию платит автор. Расценки за публикацию — от нескольких сотен до тысяч долларов. По идее, эти деньги идут на то, чтобы закрыть расходы журнала: редакторов, корректоров, хостинг сайта и так далее. Но, конечно, частные издательства на этом зарабатывают. По моим ощущениям, эти цены сильно завышены — но есть и плюсы: так можно делиться своей работой без всяких препон и сохранить 100% авторских прав. Правда, и у системы OpenAcess тоже есть множество проблем.

Безусловно, есть куча хороших, авторитетных open-access журналов, где выходят первоклассные статьи. Но также система платных публикаций породила целую индустрию мусорных журналов-хищников, чья единственная цель — слупить деньги с малоизвестных или начинающих авторов. При этом они доходят до откровенного скама. Они безжалостно спамят всех учёных, зовут кого попало в рецензенты и редакторы, вообще не следят за качеством рецензий, берут абсолютно любые статьи (даже не проверяют на плагиат)... и в целом роняют общий уровень публикаций на самое днище.

Какой спам вам обычно приходит? Скорее всего, письмо счастья от нигерейских принцев, реклама быстрого заработка и семинаров по саморазвитию? А так как я кандидат наук и публиковался в научных журналах, мне каждый день приходит спам от мусорных издательств.

Двух ученых так задолбал «научный» спам, что они написали в мусорный журнал статью под названием «Исключите меня из вашей долбаной рассылки». С очень наглядными иллюстрациями.

И эту статью приняли в журнал.

Гранты, деньги, два журнала. Инсайды о научных изданиях Исследования, Наука, Научпоп, Ученые, Научные журналы, Индекс Хирша, Александр Панчин, Эксперимент, Журнал Nature, Видео, YouTube, Длиннопост

А в 2008 году ещё один учёный Джеффри Бэлл тоже задолбался получать такой спам и объявил войну мусорным журналам. Он разработал метод — как отличать мусорные журналы и находить у них общие признаки. Оказалось, что в десятках таких журналов часто одни и те же редакторы, а все рецензенты — из одного и того же региона. Ещё у этих журналов нет договоров с архивами и онлайн-библиотеками — то есть если журнал закроется, ваши статьи пропадут. А ещё название журнала не соответствует темам: например, в юридическом журнале печатаются статьи о вреде прививок. Бэлл начал составлять список таких изданий — «мусорных фабрик». И к 2016 году там было уже больше 900 изданий.

Но учёные любят всё проверять. Поэтому список Бэлла тоже решили проверить: работает ли его метод, правда ли, что все эти журналы мусорные? Корреспондент журнала Science разослал сотням журналов (в том числе из списка Бэлла) заведомо плохие фейковые статьи. Статьи были правда плохие: мало того, что их генерировали с помощью скриптов, все они обещали чудесное лекарство от рака — то есть любой нормальный рецензент забил бы тревогу и пошёл бы проверять.

Всего версии фейковой статьи разослали в 304 журнала open access, то есть с платной публикацией. Из них 157 журналов приняли мусорную статью к печати. Всего ЯКОБЫ было проверено рецензентами 255 статей из 300. При этом по половине ответов рецензентов было ясно, что статью они даже не открывали. Только в 36 случаях рецензенты отметили нестыковки и проблемы. Но даже из них 16 всё равно приняли к публикации — только заплати!

А как же список Бэлла? Он сработал. Журналист отправлял фейковую статью не только в журналы из списка. Но из тех, кто есть в списке, приняли статью почти все: 82%. Со временем список Бэлла стал знаменитым — и издательства стали давить на него, обвинять в клевете. Действительно, в эксперименте Science 18% журналов всё же не приняли статью. А значит, каждый пятый журнал Бэлл действительно мог обвинить по ошибке. В итоге Бэлл убрал список из интернета — и даже говорил, что из-за списка ему устроили проблемы на работе.

Некоторые журналы работают по гибридной модели: ты публикуешься полностью бесплатно, редакция и рецензенты не зависят от твоих денег. А потом ты можешь заплатить небольшую сумму — и перевести свою статью в open access, с открытым доступом навсегда. Для некоторых учёных это отличный вариант. Плату может возместить их институт, их работа доступна всему миру, но при этом проверена солидным журналом.

Но были люди, которые радикально против издательского контроля, даже такого. Благодаря им появился знаменитый сайт Sci-Hub. По сути, это пиратский сайт, где по одному клику можно скачать абсолютно любую статью. Моё личное мнение — Sci-Hub сыграл очень важен, потому что заставил научные издательства меняться. И тут важно, что Sci-Hub не просто даёт доступ ко всем статьям — он даёт его гораздо удобнее, чем старомодные базы данных, по одному клику. Даже когда у тебя под рукой все подписки, ты часто заходишь в Sci-Hub, потому что так быстрее! Безусловно, у меня есть что обсудить с основательницей проекта Sci-Hub. Она — очень своеобразный человек, с которой я во многом не согласен, например, с её верой в астрологию, троицу и в то, что Сталин был Бог.

И всё же я очень ценю роль Sci-Hub в распространении научных знаний.

Напоследок расскажу, есть ли системы пост-контроля, которые сторожат сторожей — следят за самими научными журналами и ловят их на ошибках. Да. Одна из них — это организация COPE, Комиссия по этике публикаций. Она вырабатывает этические стандарты, которых нужно придерживаться журналам, создаёт пособия для редакторов и так далее. При этом комиссия обладает достаточным весом и авторитетом, чтобы давить на издательства: проводит независимую экспертизу статей, указывает издательствам на лажу — а журналы стараются это исправить, чтобы не потерять репутацию. Это как независимые испытатели безопасности автомобилей с их звёздочками. Они не могут заставить «Фольксваген» или АвтоВАЗ использовать эти звёздочки в рекламе, но если хочешь продать машину — будешь стараться эти звёздочки набрать.

Вторая важная организация — Retraction Watch. Они ведут базу данных отозванных научных статей. Retraction Watch тоже оказывает репутационное давление на журналы: если они не хотят отзывать мусорные статьи, предают это огласке на всё научное сообщество. Плюс можно зайти в их базу данных и посмотреть, у каких авторов много отозванных статей.

Есть системы типа PubPeer — «общественный рецензент». Это сообщество, где любой учёный может рецензировать и комментировать уже опубликованные статьи. Конечно, это не значит, что все рецензии там адекватны. Просто есть дополнительная возможность ознакомиться с критикой.

По той же причине всё больше научных журналов открывают комментарии под научными статьями. И это работает! Зачастую под статьёй разворачивается полноценная научная дискуссия с участием авторов. Например, в известном журнале PLOS ONE однажды опубликовали статью, написанную гомеопатами. Я изложил в комментариях свою критику, на неё отвечали авторы, я продолжал гнуть свою линию — и в итоге редакция отозвала эту статью!

Я подробно говорил, почему система рецензирования — это хорошо. И многие учёные со мной согласны. Когда в 2008 году провели опрос, 85% учёных ответили, что рецензирование — скорее хорошо, чем плохо. Но при этом они отметили, что рецензенты выявляют далеко не все ошибки. И это реальная проблема.

В том же году в British Medical Journal вышло важное исследование. Авторы написали качественную статью, потом специально внесли в неё 8 ошибок. Выбрали 420 рецензентов и отправили им эту статью. В среднем рецензенты нашли 2 ошибки из восьми. Ни один не нашёл больше 5, а 16% рецензентов не нашли ни одной.

Что это говорит об институте рецензирования? С одной стороны, качество статьи улучшилось. С другой, мы видим, что рецензирование — совсем не панацея. При этом непонятно, как отловить больше ошибок. Да ещё и бесплатно. Я напомню: каждый год публикуется больше 5 миллионов статей по сотням разных специальностей. И единственные, кто могут найти эти ошибки — это сами же учёные. Только они разбираются в этих специальностях и могут проверить друг друга. Поэтому невозможно создать какую-то централизованную комиссию, которая выловит все ошибки во всех статьях. Для этого нужно откуда-то взять ещё одно человечество с таким же количеством учёных. Возможно, в будущем с этим отчасти поможет искусственный интеллект.

При этом есть миф, что топовые научные журналы гонятся за скандалом и громкими исследованиями. Но это не так. Для них гораздо ценнее стабильная репутация. Ведь кроме «жареных» статей раз в год они публикуют десятки обычных качественных статей каждый месяц. Но есть хорошая новость: учёные — зануды. Они любят выискивать и подмечать ошибки. И если статья важная, вызвала много шума и споров, то это значит, что её проверят тысячи самых дотошных глаз на планете. Мало того, если эти зануды что-то плохое найдут — журнал тоже потеряет репутацию и понесёт убытки. Ведь хорошие авторы не захотят в нём печататься, а другие учёные — его читать.

А сейчас — время подвести итоги. Как видите, вокруг системы научных журналов и издательств есть много проблем и споров. И что её ждёт в будущем, я предсказать не берусь. Но я могу уверенно сказать, зачем она нужна прямо сейчас.

В XVIII веке в Европе было не так уж много крупных учёных: все они друг друга знали, переписывались, успевали читать все важные статьи и даже книги друг друга. У каждого из них была репутация: этот хитрец, этот скандалист, этот фанат своей теории, а этот светлый ум и звезда. Но с тех пор наука очень сильно разрослась.

Теперь невозможно знать всех и читать всё, даже в своей узкой специальности. Нам постоянно нужно оценивать учёных, чьё имя мы видим впервые. Для этого и нужны общепринятые метрики: индекс цитирования, индекс Хирша для журналов, история публикаций, рейтинги. Нужна система. И принципиально важно, чтобы эта информация была открыта и доступна всем: кто где публиковался, кто их проверял, на каком уровне, какая репутация у журналов и коллег. Все действия и слова учёных должны быть как в стеклянном доме — прозрачные и открытые.

Это важно для того, чтобы принимать решения: кого брать на работу, кого цитировать, за чьими гипотезами идти в своих исследованиях. Но это важно и для обычных людей! Если вы знаете, как отличить шарлатана с мусорными статьями от серьёзного учёного, проверенного сотнями других настоящих учёных — то вам будет легче решить, кому доверять и к кому прислушиваться.

Источники ↗

Показать полностью 3
[моё] Исследования Наука Научпоп Ученые Научные журналы Индекс Хирша Александр Панчин Эксперимент Журнал Nature Видео YouTube Длиннопост
22
52
Sanzorg
Sanzorg
1 год назад
Наука | Научпоп

Лето 2023 года назвали самым жарким за последние 2000 лет⁠⁠

Температура уже на два градуса выше доиндустриального уровня

Лето 2023 года назвали самым жарким за последние 2000 лет Ученые, Наука, Глобальное потепление, N+1, Научпоп, Исследования, Журнал Nature

Jan Esper et al. / Nature, 2024

Лето 2023 года в северном полушарии оказалось на 2,07 градуса Цельсия теплее доиндустриального уровня 1850-1900 годов и на 2,2 градуса среднего показателя за последние 2000 лет. До этого самым жарким считалось лето 246 года нашей эры в период Римского климатического оптимума, но даже с учетом всех погрешностей лето прошлого года обошло его не менее чем на полградуса. Это свидетельствует о беспрецедентной жаре, которая превысила установленные Парижским соглашением уровни потепления в полтора и два градуса Цельсия. Такие выводы содержит статья, опубликованная в журнале Nature.

Ученые во главе с Яном Эспером (Jan Esper) из Майнцского университета сопоставили данные о температурах с июня по август 2023 года из проекта Berkeley Earth с данными инструментальных наблюдений за последние 170 лет, а также с результатами 15 реконструкций климата, сделанных на основе годичных колец деревьев. Неопределенность оценок таких реконструкций удалось снизить, откалибровав их по данным прямых наблюдений на метеостанциях с 1850 года. Сравнение показало, что лето 2023 года было беспрецедентно жарким. Оно оказалось на 3,93 градуса теплее, чем в самом холодном году нашей эры (536), на который выпала высокая вулканическая активность. Авторы связали это с общим антропогенным потеплением и нарастанием влияния Эль-Ниньо и отметили, что международные обязательства по снижению выбросов парниковых газов должны быть исполнены срочно.

https://nplus1.ru/news/2024/05/14/summer-2023-biggest-record

Показать полностью
Ученые Наука Глобальное потепление N+1 Научпоп Исследования Журнал Nature
132
71
W2E.RU
W2E.RU
3 года назад

Ученые обнаружили фермент, который уничтожает пластик за сутки⁠⁠

Новый фермент, открытый учеными, может расщеплять пластик, на разложение которого обычно уходят столетия, всего от нескольких часов до нескольких дней.

Ученые обнаружили фермент, который уничтожает пластик за сутки Ученые, Экология, Мусор, Исследования, Наука, Пластик, Биология, Химия, Журнал Nature

Это открытие, опубликованное в журнале Nature , может помочь решить одну из самых насущных экологических проблем в мире: что делать с миллиардами тонн пластиковых отходов, которые накапливаются на свалках. Фермент может ускорить переработку в больших масштабах, что позволит крупным предприятиям снизить воздействие на окружающую среду за счет восстановления и повторного использования пластика на молекулярном уровне.


«Возможности использования этого передового процесса переработки безграничны в разных отраслях», — сказал Хэл Альпер, профессор кафедры химического машиностроения МакКетты в UT Austin.
«Помимо очевидной индустрии управления отходами, это также дает корпорациям возможность взять на себя инициативу по переработке своей продукции. Благодаря ферментам мы можем создать настоящую безотходную экономику пластмасс».

Проект сосредоточен на полиэтилентерефталате (ПЭТ) - полимере, который используется в большинстве упаковок. Это составляет 12% всех мировых отходов.


Фермент смог завершить процесс разрушения пластика на более мелкие части и последующего химического соединения (реполимеризация). В некоторых случаях пластмассы удавалось полностью расщепить на мономеры всего за 24 часа.


Исследователи и использовали модель машинного обучения для создания новых мутаций природного фермента под названием PETase, который позволяет бактериям разлагать ПЭТ-пластик. Модель предсказывает, какие мутации в ферментах помогут быстро деполимеризовать пластики при низких температурах.


С помощью этого процесса, который включал изучение 51 различных пластиковых контейнеров, пяти различных полиэфирных волокон и тканей, а также бутылок для воды, сделанных из ПЭТ, исследователи доказали эффективность фермента, который они назвали FAST-PETase.


«Эта работа действительно демонстрирует силу объединения различных дисциплин, от синтетической биологии до химического машиностроения и искусственного интеллекта», — сказал Эндрю Эллингтон, профессор Центра систем и синтетической биологии, чья команда руководила разработкой модели машинного обучения.

Переработка — самый очевидный способ сократить количество пластиковых отходов. Но в мире перерабатывается менее 10% всего пластика.


Далее команда планирует работать над увеличением производства ферментов, чтобы подготовить их к промышленному и экологическому применению. Исследователи подали заявку на патент на технологию и рассматривают несколько вариантов ее использования. Наиболее очевидными из них являются очистка свалок и озеленение производящих большое количество отходов производств.

Показать полностью 1
Ученые Экология Мусор Исследования Наука Пластик Биология Химия Журнал Nature
18
44
robomeow
robomeow
3 года назад
Наука | Научпоп

PRANCE: роботизированная система для ускорения направленной эволюции молекул в лаборатории⁠⁠

Естественная эволюция - это медленный процесс, основанный на постепенном накоплении генетических мутаций. Ученые нашли способы ускорить этот процесс для получения новых белков и других молекул в лаборатории.

Исследователи из MIT разработали роботизированную платформу, способную одновременно проводить до 96 экспериментов по направленной эволюции, при этом отслеживая прогресс в режиме реального времени. Помимо помощи исследователям в более быстрой разработке новых молекул, этот метод можно использовать для моделирования процессов естественной эволюции.

Мы разработали роботизированную систему PRANCE - Phage- and Robotics-Assisted Near-Continuous Evolution (практически непрерывная эволюция с использованием фагов и робототехники), чтобы всесторонне исследовать биомолекулярную эволюцию. PRANCE реализует автоматизированную систему управления с обратной связью, которая регулирует строгость отбора в ответ на изменения молекулярной активности в реальном времени. Эта работа повышает надежность инженерии белков и позволяет систематически анализировать случайные факторы, исторические факторы и факторы среды, управляющие биомолекулярной эволюцией.

Из аннотации к статье в Nature Methods

PRANCE: роботизированная система для ускорения направленной эволюции молекул в лаборатории Перевод, Наука, Эволюция, Теория эволюции, Робототехника, Журнал Nature, Видео, Длиннопост


В основе методов направленной эволюции лежат методы ускорения накопления и отбора новых мутаций. Например, когда ученые хотят создать антитело, которое будет связываться с раковым белком, они начинают с пробирки с сотнями миллионов дрожжевых клеток, сконструированных для экспрессии антител млекопитающих на своей поверхности. Эти клетки будут подвергаться воздействию ракового белка, с которым должно связываться антитело.

Исследователи отберут клетки, которые лучше всего связываются с белком, введут в них случайные мутации, проведут новую проверку, и повторят процесс много раз, до тех пор, пока не появится лучший кандидат.

В 2011 году Кевин Эсвельт разработал способ ускорения направленной эволюции, известный как непрерывная эволюция с помощью фагов (PACE). Этот подход использует бактериофаги (вирусы, заражающие бактерии), чтобы помочь белкам быстрее развиваться для достижения желаемой функции. Ген, который исследователи надеются оптимизировать, связан с геном, необходимым для выживания бактериофагов, и вирусы конкурируют друг с другом за оптимизацию белка. Процесс отбора выполняется непрерывно и может повторяться много раз без вмешательства человека.

Источник

Статья в Nature Methods

Показать полностью 1
Перевод Наука Эволюция Теория эволюции Робототехника Журнал Nature Видео Длиннопост
29
18
melanf
3 года назад

"Все больше доказательств  что вакцина Sputnik V  безопасна и эффективна" - статья в Nature от 06.07.2021⁠⁠

https://www.nature.com/articles/d41586-021-01813-2

"Все больше доказательств  что вакцина Sputnik V  безопасна и эффективна" - статья в Nature от 06.07.2021 Коронавирус, Вакцина, Журнал Nature, Длиннопост, Спутник V, Исследования

Российская вакцина COVID-19 "Спутник" была предметом восхищения и споров с тех пор, как правительство России разрешило ее использование в прошлом году…. Данные из России и многих других стран в настоящее время свидетельствуют о том, что он безопасен и эффективен, но остаются вопросы о качестве надзора за возможными редкими побочными эффектами.

Sputnik V, также известный как Gam-COVID-Vac, был первой в мире зарегистрированной вакциной против COVID-19. С тех пор она была одобрена в 67 странах, включая Бразилию, Венгрию, Индию и Филиппины. Но вакцина — и ее однокомпонетный вариант Sputnik Light-еще не получили разрешения на экстренное применение от Европейского агентства по лекарственным средствам (EMA) или Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ). Одобрение ВОЗ имеет решающее значение для широкого распространения в рамках инициативы по глобальному доступу к вакцинам COVID-19 (COVAX), которая предусматривает распространение вакцин среди стран с низким уровнем дохода.

Разработанная учеными Национального исследовательского центра эпидемиологии и микробиологии им. Гамалеи в Москве, вакцина была разрешена к применению Министерством здравоохранения России 11 августа 2020 года, более чем за месяц до публикации результатов испытаний I и II фазы и даже до начала испытаний III фазы.

Научное сообщество с возмущением встретило заявление о регистрации вакцины. “Если правительство собирается одобрить вакцину еще до того, как они узнают о результатах испытания, это не укрепляет доверия”, - сказал об этом эпидемиолог Майкл Тул из Института Бернета в Мельбурне, Австралия.

"Все больше доказательств  что вакцина Sputnik V  безопасна и эффективна" - статья в Nature от 06.07.2021 Коронавирус, Вакцина, Журнал Nature, Длиннопост, Спутник V, Исследования

Некоторые из этих опасений были устранены, когда результаты испытаний фазы III, опубликованные в феврале разработчиками вакцины, показали, что она на 91,6% эффективна в предотвращении симптоматической инфекции COVID-19 и на 100% эффективна в предотвращении тяжелой инфекции. Тем не менее, некоторые ученые критиковали авторов за то, что они не предоставили доступ к полным необработанным данным с ранних стадий испытаний, а также выразили озабоченность по поводу изменений в протоколе введения вакцины и несоответствий в данных.

Авторы ответили, что они предоставили регулирующим органам все данные, необходимые для получения одобрения, и что данных, включенных в публикацию, было достаточно … а численные несоответствия были “простыми ошибками при вводе текста, которые были формально исправлены”.

Несмотря на отсутствие одобрения со стороны EMA или ВОЗ, ряд стран, включая Южную Корею, Аргентину и Индию, уже производят Спутник V.

Индия планирует произвести не менее 850 миллионов доз, чтобы ускорить вакцинацию своего населения. Многие другие страны, такие как Венгрия и Иран, импортируют спутник V, и он стал ключевым элементом их кампаний вакцинации.

Однако история вакцины не была простым плаванием. Бразильский регулятор здравоохранения отклонил заявку на импорт Sputnik V в апреле из-за опасений по поводу отсутствия данных о безопасности, качестве и эффективности. Это решение было отменено в июне, но вакцина была одобрена только для здоровых взрослых.


Два вирусных вектора лучше, чем один?

Спутник V-это вакцина против аденовируса, что означает, что она использует искусственный аденовирус — семейство вирусов, которые обычно вызывают только легкие заболевания, — в качестве механизма доставки для вставки генетического кода белка спайка SARS-CoV-2 в клетки человека.

Спутник V аналогичен вакцинам Oxford–AstraZeneca и Johnson & Johnson. Но вместо использования одного сконструированного аденовируса, как это делают эти две вакцины, Sputnik V использует разные аденовирусы, называемые rAd26 и rAd5, для первой и второй доз соответственно.

Дмитрий Кулиш, исследователь биотехнологий в Сколковском институте науки и технологий в Москве, обьясняет что такое решение было направлено на повышение эффективности. Два аденовируса имеют несколько разные методы введения своего генетического материала в клетку-хозяина, говорит он, что (теоретически) должно повысить вероятность успешного получения вирусного генетического материала там, где он должен быть.

"Все больше доказательств  что вакцина Sputnik V  безопасна и эффективна" - статья в Nature от 06.07.2021 Коронавирус, Вакцина, Журнал Nature, Длиннопост, Спутник V, Исследования

В двух предварительных исследованиях разработчиков вакцины, опубликованных в сентябре 2020 года, приняли участие 76 здоровых взрослых, которые получили две дозы с различными вирусными векторами с интервалом в три недели. Все участники продуцировали антитела к спайковому белку SARS-CoV-2, и сообщалось о побочных явлениях, в основном о легкой боли в месте инъекции, лихорадке, головной боли, усталости и мышечных болях — побочных явлениях, типичных для других вакцин против SARS-CoV-2.

В исследовании фазы III, опубликованном в промежуточной форме в феврале, 14 964 взрослых получили обе дозы вакцины и 5476 человек получили две дозы плацебо. Только у 16 пациентов в группе вакцины развился симптоматический COVID-19, по сравнению с 62 в группе плацебо, что соответствует эффективности вакцины 91,6%. Кроме того, в группе вакцины не было случаев заболевания средней или тяжелой степени, а в группе плацебо таких случаев было 20.

Неопубликованные данные по 3,8 миллионам россиян, вакцинированных двумя дозами, также указывают на эффективность 97,6%, согласно апрельскому пресс-релизу Института Гамалеи. Данные, опубликованные Министерством здравоохранения Объединенных Арабских Эмиратов на основе исследования в котором принимало участи 81 000 человек ( получивших две дозы вакцины), показало эффективность 97,8% в предотвращении симптоматического COVID-19 и 100% - ную эффективность в предотвращении тяжелых заболеваний.

Российское исследование также показало, что даже одна доза была на 73,6% эффективна для профилактики заболеваний средней и тяжелой степени тяжести. Это привело к тому, что российские органы здравоохранения одобрили в мае одноразовую дозу Sputnik Light, (в ходе исследований было продемонстрировано что она имеет 79,4% эффективность для профилактики симптоматических заболеваний).

Стой поры стало известно пока неопубликованное исследование Министерства здравоохранения Буэнос-Айреса в Аргентине, в котором приняли участие 40 387 вакцинированных и 146 194 невакцинированных человека в возрасте 60-79 лет. Это исследование показало, что что одна доза Sputnik Light снизила симптоматические инфекции на 78,6%, госпитализацию на 87,6% и смертность на 84,7%.

"Все больше доказательств  что вакцина Sputnik V  безопасна и эффективна" - статья в Nature от 06.07.2021 Коронавирус, Вакцина, Журнал Nature, Длиннопост, Спутник V, Исследования

Вопросы о побочных эффектах

Побочные эффекты Спутника также становятся более изучеными; проведенные исследования показывают, что эти эффекты аналогичны таковым у других аденовирусных вакцин, за заметным исключением в виде атипичного тромбоза. Сообщений сообщений об этих нарушениях от российских органов здравоохранения или от других стран, использующих Sputnik V., не поступало, что отличает российскую вакцину от вакцин Oxford–AstraZeneca и Johnson & Johnson .

Предварительный отчет из итальянской больницы Буэнос-Айреса в Аргентине не сообщает о случаях нарушений свертываемости крови среди 683 медицинских работников, вакцинированных Sputnik V. И анализ 2,8 миллиона доз Sputnik V, введенных в Аргентине, показал отсутствие смертей, связанных с вакцинацией, и в основном легкие побочные явления. Кроме того, препринт исследования, опубликованный в качестве предварительной публикации в мае в республике Сан-Марино, не выявило серьезных нежелательных явлений у 2558 взрослых, получивших одну дозу Sputnik V, и 1288, получивших две дозы4.

Вирусолог Элисон Кельвин из Университета Далхаузи в Галифаксе, Канада, говорит, что существует теория о том, что нарушение свертываемости крови связано с векторными вакцинами, но добавляет: “Я не думаю, что мы знаем какой компонент этих вакцин вызывает тромбозы”, и не знаем может ли вызывать подобные эффекты Спутник. Элисон Кельвин отмечает, что, хотя в исследовании III фазы Sputnik V приняли участие всего 21 977 человек и, следовательно, было слишком мало, чтобы выявить редкие побочные явления, вакцина в настоящее время широко используется во всем мире, а это означает, что такие случаи (если они есть) должны стать известны.

Неясно, в состоянии ли Россия обнаружить такие редкие события. Те, которые были связаны с вакциной Оксфорд–АстраЗенека, впервые стали известны благодаря мониторингу нежелательных явлений в Австрии, что побудило ЕМА пересмотреть безопасность вакцины.

Но мониторинг неблагоприятных событий в России может быть менее эффективным, утверждает Кулиш, отчасти из-за культурного сопротивления обращению за медицинской помощью. “Большинство жителей России позвонят [врачу] только тогда, когда они больше не смогут дышать”, - иронизируетт он. Кроме того, врачи могут не связывать инсульт, вызванный тромбами, с недавней вакцинацией, говорит он.

Но Аргентина также не сообщала о каких-либо явлениях свертывания крови, несмотря на получение более четырех миллионов доз вакцины, отмечает Кулиш. Сербия, которая также широко использует Sputnik V, до сих пор не сообщала о случаях нарушения свертываемости крови, о которых сообщалось при использовании других аденовирусных вакцин.

ВОЗ и EMA рассматривают вопрос регистрации Спутника V

Ученые говорят, что опасения по поводу мониторинга побочных эффектов могут быть причиной того, что ВОЗ и ЕМА еще не выдали разрешение на чрезвычайное использование вакцины. ВОЗ запросила дополнительные данные у Института Гамалеи, и в настоящее время агентство проводит проверки российских предприятий по производству вакцин и клинических испытаний.

К настоящему времени было проверено девять объектов, и ВОЗ выразила озабоченность по поводу одного производственного объекта. Аналогичным образом, в EMA вопрос о регистрации вакцины находится “на рассмотрении".

….

Кулиш предполагает, что в EMA существует фракция лоббирующая Pfizer, которая мешает Спутнику получить разрешение. Представитель EMA ответил на это предложение, указав, что “одни и те же стандарты” применяются ко всем заявителям на вакцину COVID-19, “независимо от того, где в мире они находятся”.

Тул говорит, что он подозревает, что главная проблема ЕМА заключается в том, что “им не так комфортно” с наблюдением за неблагоприятными событиями в России….

В настоящее время в странах, которые одобрили Sputnik, в том числе в Аргентине, Венесуэле, России и Турции, проводится несколько других исследований, которые должны помочь составить более точную картину безопасности и эффективности вакцины.

Бьянка Ногради

Показать полностью 3
Коронавирус Вакцина Журнал Nature Длиннопост Спутник V Исследования
12
231
DELETED
4 года назад
Наука | Научпоп

В лаборатории созданы органоиды, содержащие клетки мозга с генами неандертальцев⁠⁠

https://www.nature.com/articles/d41586-021-00388-2

В лаборатории созданы органоиды, содержащие клетки мозга с генами неандертальцев Природа, Журнал Nature, Генетика, Популяционная генетика, Crispr-cas9, Мозг, Длиннопост

Исследователи создали крошечные мозгоподобные органоиды – комочки, состоящие из помещенных в питательный раствор клеток мозга.

Эти клетки содержат гены двух родственных современному человеку исчезнувших видов: неандертальцев и денисовцев.

Ткани, созданные генно-инженерными методами из стволовых клеток человека, далеки от того, чтобы быть настоящим воплощением мозга давно несуществующих видов людей.

Однако, они демонстрируют явные отличия от органоидов из клеток современного человека, включая размер, форму и текстуру.

Результаты, опубликованные 11 февраля в Science, могут помочь ученым понять генетические пути, позволившие эволюционировать человеческому мозгу.

«Это необычная статья с некоторыми экстраординарными утверждениями» - сказал Грэй Кэмп, специалист по биологии развития из Базельского университета в Швейцарии, чья лаборатория сообщила в прошлом году о растущих органоидах мозга, содержащих общий для людей и неандертальцев ген.

Опубликованная работа продвигает исследование дальше, рассматривая генетические варианты, утерянные людьми в ходе эволюции.

Но Кэмп остается настроенным скептическим относительно последствий полученных результатов и говорит, что работа ставит больше вопросов, требующих исследований.

Люди являются гораздо более близкими родственниками неандертальцев и денисовцев, чем любых существующих приматов. Около 40% неандертальских генов все еще присутствует среди современных людей.

Но доступные специалистам средства изучения мозга этих древних видов ограничены. Мягкие ткани плохо сохраняются и большинство исследований полагаются на изучение размера и формы окаменелых черепов.

Знание того, как гены вымерших видов человека отличаются от современных, помогает ученым понять, что именно делает наш вид уникальным, особенно в том, что касается мозга.

Группа исследователей под руководством нейробиолога из Калифорнийского университета в Сан-Диего Элиссона Муотри использовала технологию редактирования генома CRISPR-Cas9 чтобы ввести ген неандертальцев и денисовцев, названный NOVA1 в плюрипотентные* стволовые клетки человека.

*Такие клетки могут развиться в любой другой тип клеток.

Ученые культивировали измененные стволовые клетки чтобы сформировать органоиды – скопления мозгоподобной ткани размером до 5 миллиметров в поперечнике.

При их сравнении с органоидами настоящей мозговой ткани человека стало видно, что вариант с геном NOVA1 выглядит иначе.

Органоиды человеческого мозга обычно гладкие и имеют форму сферы, а полученные генетической модификацией скопления тканей имели неровные, сложные поверхности и были меньшего размера.

Вероятно, причина в том, что эти клетки росли и размножались иначе.


Генетическое сравнение.

Чтобы определить, какой древний ген следует экспрессировать в органоидах, исследователи сравнили библиотеку генетических последовательностей человека с почти полными геномами двух неандертальцев и одного денисовца. Специалисты обнаружили 61 ген, который у всех современных людей отличается от его древних версий. Среди них NOVA1, который участвует в формировании мозговых синапсов - соединений нервов, и ассоциирован с неврологическими заболеваниями при изменении его активности.

Человеческий ген NOVA1 отличается от своего древнего варианта, все еще представленного у других живущих сейчас приматов, единственным азотистым основанием, которое исследователи отредактировали в стволовых клетках при помощи технологии CRISPR-Cas9. Эта разница влияет на единственную аминокислоту в белке NOVA1, производимом древними органоидами. «Факт того, что все или почти все люди имеют новую версию этого гена, означает, что на каких-то этапах эволюции такое изменение дало огромные преимущества. Вопрос в том, что это за преимущества» - сказал Муотри.

Различия между полученными органоидами продолжаются на молекулярном уровне. Команда ученых выявила 277 генов, активность которых отличается в органоидах с древними генами и с генами современного человека. Некоторые из этих генов известны своим влиянием на развитие нейронов и связей между ними. В результате архаичные органоиды содержали другие уровни синаптическИХ протеинОВ и картина возбуждения их нейронов выглядит менее организованно, чем у контрольных тканей. Также имеются свидетельства, что они быстрее созревали.


Большая разница.

«Наиболее значимое открытие в том, что вы возвращаете ген в его раннее [наследственное, родовое, свойственное роду] состояние, и видите эффект на органоиде» - сказал Вольфганг Энард, эволюционный генетик в мюнхенском университете Людвига Максимилиана. Он поражен, что такая маленькая генетическая разница вызывает настолько очевидные изменения. Но он скептичен относительно того, что странный вид органоидов многое говорит нам о мозге неандертальцев.


Грэй Кэмп также предупреждает, что едва ли эти созданные на основе древних генов органоиды полностью представляют настоящие неандертальские ткани. По его мнению, наблюдаемые свойства могут быть результатом изменения важного белка, содержащегося в человеческом организме. Совместные эффекты многих мутаций всё время накладываются друг на друга. Это как карточный домик. Вы меняете одну аминокислоту и всё ломается. Мозг перестает работать.

И всё-таки, способ с редактированием органоидов может быть применим для изучения эволюции мозга приматов, считает Сюзанна Херкулано-Хузель – эволюционный нейробиолог из университета Вандербильта в Нэшвилле, Тенесси. Команда Муотри планирует создать органоиды, измененные таким образом, чтобы содержать другие архаичные гены, которые могли бы пролить свет на загадки человеческого мозга. Если ученые смогут понять эволюционные пути, приведшие человека к его нынешнему состоянию, то, возможно, они лучше поймут заболевания, специфичные для мозга человека.


doi: https://doi.org/10.1038/d41586-021-00388-2

Показать полностью 1
Природа Журнал Nature Генетика Популяционная генетика Crispr-cas9 Мозг Длиннопост
25
51
socseti2007
socseti2007
5 лет назад

Вблизи гробницы Тутанхамона обнаружен потайной тунель — Нефертити найдена?⁠⁠

Вблизи гробницы Тутанхамона обнаружен потайной тунель — Нефертити найдена? Древний Египет, Нефертити, Журнал Nature, Длиннопост

Египтяне верят, что тоннель ведет к секретному склепу, в котором похоронена Нефертити — королева красоты древнего мира.


Сотрудники авторитетного научного журнала Nature получили доступ к отчету, которые на днях подготовили, но пока не опубликовали египетские исследователи, ведомые Мамдухом эль-Дамати — бывшим министром памятников древности и культурного наследия Египта, а ныне профессором университета Айн Шамс (Ain Shams University) в Каире.


В отчете приведены данные, полученные в ходе «просвечивания» ближайших окрестностей гробницы Тутанхамона с помощью так называемого георадара (ground penetrating radar – GPR) — радиолокатора, якобы позволяющего выявлять скрытые полости и различные «инородные тела» в грунте и твердой породе.


Данные нынешних исследований свидетельствуют: в нескольких метрах к востоку от погребальной камеры Тутанхамона находится протяженное полое пространство – эдакий тоннель или коридор длиной 10 метров и высотой 2 метра. Он проложен на той же глубине, что и погребальная камера, тянется параллельно ходу, который ведет к ней и перпендикулярно главной оси всей гробницы, известной в археологическом мире под кодом КV62.

Вблизи гробницы Тутанхамона обнаружен потайной тунель — Нефертити найдена? Древний Египет, Нефертити, Журнал Nature, Длиннопост

Гробница Тутанхамона: расположение предполагаемых потайных комнат (розовые) и тоннеля (синий).


«Трехкомнатная» гробница Тутанхамона была обнаружена в 1922 году — вместе с его саркофагом, его мумией внутри, золотой маской и многочисленными предметами, которые могли бы пригодиться в загробном мире.


В 2015 году британский египтолог Николас Ривз (British Egyptologist Nicholas Reeves), работающий в университете Аризоны (University of Arizona) опубликовал доклад, в котором настаивал: к гробнице Тутанхамона — к комнате с его саркофагом — примыкают еще два потайных помещения, проходы к которым замурованы и заштукатурены. Ученый указывал на характерные следы, замеченные им на стенах.


По мнению Ривза, в одной из тайных комнат скорее всего находится гробница Нефертити, тело которой «официально» до сих пор не найдено.

Вблизи гробницы Тутанхамона обнаружен потайной тунель — Нефертити найдена? Древний Египет, Нефертити, Журнал Nature, Длиннопост

Схема, иллюстрирующая предположение Ривза о двух дополнительных помещениях в гробнице.


Нефертити, что в дословном переводе означает «грядущая красавица», жила 3300 лет назад. Была женой фараона Эхнатона (Аменхотепа IV). И как минимум, мачехой фараона Тутанхамона. А то и его матерью. Скончалась в 1330 году до нашей эры в возрасте от 29 до 38 лет. Скончалась и исчезла. До сих пор ищут.

Вблизи гробницы Тутанхамона обнаружен потайной тунель — Нефертити найдена? Древний Египет, Нефертити, Журнал Nature, Длиннопост

Ривз полагает, что Нефертити изначально похоронили в обширном многокомнатном склепе, который предназначался исключительно ей. Но Тутанхамон, который скоропостижно скончался через 9 лет после Нефертити, «потеснил» мать. Потому что изготовить отдельную усыпальницу для него не успели. В итоге, мумию Нефертити перенесли в смежную камеру, замуровали её, а самого Тутанхамона уложили в «проходном» помещении, в котором потом его и нашли.


— Склеп, в котором в 1922 году был обнаружен саркофаг Тутанхамона, довольно маленький для фараона, — рассуждал Ривз. — Скорее всего он — часть более крупного 5-6- комнатного помещения, которое изначально было устроено исключительно для царицы Нефертити.

Египетские власти поверили Ривзу. Но долбить стены гробницы не стали. Мамдух эль-Дамати — в то время министр памятников древности и культурного наследия Египта — разрешил для начала провести не разрушающее исследование с помощью георадара. В начале 2016 года этим занимались японские специалисты под руководством Хирокатсу Ватанабе (Hirokatsu Watanabe). Они заверили: за одной из стен действительно «просматриваются» два скрытых помещения. В одном из них — некая органика, в другом — похоже, металл.

Вблизи гробницы Тутанхамона обнаружен потайной тунель — Нефертити найдена? Древний Египет, Нефертити, Журнал Nature, Длиннопост

Археологи «просвечивают» стену георадаром.


Японцы воодушевили Мамдуха, который пообещал, что позволит просверлить одну из стен гробницы Тутанхамона, чтобы просунуть камеру в образовавшееся отверстие.


Увы, до дырки в стене, которая могла бы доказать или опровергнуть гипотезу о «тайной комнате» с мумией Нефертити внутри, дело так и не дошло. В 2016 году Мамдух был смещен со своего поста. Его место занял Халед аль-Аннани, который настоял на дополнительных исследованиях. В 2018 году их провели итальянские археологи из Политехнического университета в Турине (Polytechnic University in Turin) под руководством Франческо Порчелли (Francesco Porcelli), которые использовали радар высокой точности. Но не выявили каких-либо убедительных особенностей, которые бы свидетельствовали о том, что за стенами гробницы находятся какие-либо полости. С соответствующим сообщением тогда вступил доктор Мустафа Вазири (Mostafa Waziri) — глава Верховного Совета Древностей Египта. (Egypt’s Supreme Council of Antiquities — SCA)


Настал 2020 год. В начале февраля Мамдух эль-Дамати, не оставлявший попыток найти «тайную комнату», обнаружил 10-метровый коридор, о чем сообщил в SCA и, видимо, в Nature. Теперь он ждет разрешения двинуться дальше — не исключено, что и сквозь стены гробницы. Таким образом счет в заочном состязании скептиков и тех, кто верит в посмертное соседство Тутанхамона и Нефертити, сравнялся. Стал 2:2.


Ведь два исследования — самого Ривза и японское — продемонстрировали наличие тайных помещений. Итальянское — ничего не выявило, а Мамдух преуспел. Пусть даже не совсем в тех местах, которыми интересовались его коллеги. По мнению бывшего министра, полость, обнаруженная им в непосредственной близости от гробницы Тутанхамона, все-таки относится именно к ней. И проложена отнюдь не просто так.

Вблизи гробницы Тутанхамона обнаружен потайной тунель — Нефертити найдена? Древний Египет, Нефертити, Журнал Nature, Длиннопост

Место расположение гробницы Тутанхамона.

Вблизи гробницы Тутанхамона обнаружен потайной тунель — Нефертити найдена? Древний Египет, Нефертити, Журнал Nature, Длиннопост

Так вход в гробницу Тутанхамона выглядит со стороны.


http://therussiantimes.com/nauka/382258.html
Показать полностью 6
Древний Египет Нефертити Журнал Nature Длиннопост
9
Посты не найдены
О Нас
О Пикабу
Контакты
Реклама
Сообщить об ошибке
Сообщить о нарушении законодательства
Отзывы и предложения
Новости Пикабу
RSS
Информация
Помощь
Кодекс Пикабу
Награды
Команда Пикабу
Бан-лист
Конфиденциальность
Правила соцсети
О рекомендациях
Наши проекты
Блоги
Работа
Промокоды
Игры
Скидки
Курсы
Зал славы
Mobile
Мобильное приложение
Партнёры
Промокоды Biggeek
Промокоды Маркет Деливери
Промокоды Яндекс Путешествия
Промокоды М.Видео
Промокоды в Ленте Онлайн
Промокоды Тефаль
Промокоды Сбермаркет
Промокоды Спортмастер
Постила
Футбол сегодня
На информационном ресурсе Pikabu.ru применяются рекомендательные технологии