Горячее
Лучшее
Свежее
Подписки
Сообщества
Блоги
Эксперты
Войти
Забыли пароль?
или продолжите с
Создать аккаунт
Я хочу получать рассылки с лучшими постами за неделю
или
Восстановление пароля
Восстановление пароля
Получить код в Telegram
Войти с Яндекс ID Войти через VK ID
Создавая аккаунт, я соглашаюсь с правилами Пикабу и даю согласие на обработку персональных данных.
ПромокодыРаботаКурсыРекламаИгрыПополнение Steam
Пикабу Игры +1000 бесплатных онлайн игр
Поднимайтесь как можно выше по дереву, собирайте цветы и дарите их близким.
Вас ждут уникальные награды и 22 выгодных промокода!

Пикаджамп

Аркады, Казуальные, На ловкость

Играть

Топ прошлой недели

  • CharlotteLink CharlotteLink 1 пост
  • Syslikagronom Syslikagronom 7 постов
  • BydniKydrashki BydniKydrashki 7 постов
Посмотреть весь топ

Лучшие посты недели

Рассылка Пикабу: отправляем самые рейтинговые материалы за 7 дней 🔥

Нажимая кнопку «Подписаться на рассылку», я соглашаюсь с Правилами Пикабу и даю согласие на обработку персональных данных.

Спасибо, что подписались!
Пожалуйста, проверьте почту 😊

Новости Пикабу Помощь Кодекс Пикабу Реклама О компании
Команда Пикабу Награды Контакты О проекте Зал славы
Промокоды Скидки Работа Курсы Блоги
Купоны Biggeek Купоны AliExpress Купоны М.Видео Купоны YandexTravel Купоны Lamoda
Мобильное приложение

Boinc

С этим тегом используют

Наука Проект Исследования Компьютер Распределенные вычисления Космос Научпоп Все
130 постов сначала свежее
5
Programma.Boinc
Programma.Boinc
1 год назад

Проект Asteroids@home⁠⁠

Проект Asteroids@home

Asteroids@home — это добровольный проект распределенных вычислений, разработанный в Астрономическом институте Карлова университета в Праге в сотрудничестве с Радимом Ванчо из Чешской национальной команды. Инженер проекта — Йозеф Дюрех.

Он работает на программной платформе Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) и использует мощность компьютеров добровольцев для решения проблемы инверсии кривых блеска для многих астероидов.

Почему распределенные вычисления?

Учитывая огромное количество фотометрических данных, поступающих в результате крупных обзоров всего неба, а также от астрономов, инверсия кривой блеска становится трудоемким процессом.

В будущем мы можем ожидать еще больше данных от исследований, которые либо уже работают (PanSTARRS), либо строятся (Gaia, LSST). Более того, данные исследований часто скудны по времени, а это означает, что период вращения — основной физический параметр — не может быть легко оценен на основе данных.

В отличие от классических кривых блеска, где период «виден» в данных, при анализе разреженных данных необходимо плотно сканировать широкий интервал всех возможных периодов. Этот факт значительно увеличивает время вычислений, и единственным практическим способом эффективной фотометрии сотен тысяч астероидов является использование распределенных вычислений.

Более того, задача идеальна для распараллеливания — интервал периода можно разбить на более мелкие части, которые просматриваются отдельно, а затем результаты объединяются.

Зачем изучать астероиды?

Большое несоответствие между огромным количеством всех известных астероидов и небольшим числом астероидов с известными основными физическими параметрами (формой, вращением, периодом) является сильной мотивацией для дальнейших исследований.

Знание физических свойств значительной части населения астероидов необходимо для понимания происхождения и эволюции всей Солнечной системы. Тепловое излучение небольших астероидов может существенно изменить их орбиту (эффект Ярковского), что может иметь решающее значение для прогнозирования вероятности их столкновения с Землей.

Чтобы иметь возможность вычислить, как тепловое излучение влияет на орбиту, мы должны знать вращение (а также, в определенной степени, форму) объекта.

Научные цели

Целью проекта является определение формы и вращения значительной части популяции астероидов.

В качестве входных данных мы используем любую доступную фотометрию астероидов.

В результате получены модели выпуклой формы астероида с указанием направления оси вращения и периода вращения. Модели будут опубликованы в рецензируемых журналах, а затем обнародованы в базе данных DAMIT.

Основные сведения об астероидах

Астероиды — небольшие тела Солнечной системы. Большинство из них вращаются между Марсом и Юпитером в так называемом главном поясе. Однако некоторые из них имеют орбиты, приближающиеся к орбите Земли или даже пересекающие ее.

Их называют околоземными астероидами.

Астероиды можно описать как твердые тела неправильной формы без атмосферы и комы. Их размер колеблется от сотен километров для самых крупных и до метров для самых маленьких, когда-либо обнаруженных. На данный момент известно почти полмиллиона астероидов — мы знаем их орбиту в Солнечной системе (измеряя их положение в разное время) и их приблизительный размер (измеряя их яркость и зная расстояние).

Чтобы узнать больше об их физических свойствах, необходимо использовать другие методы наблюдения.

Один из них — фотометрия: мы измеряем изменения яркости, вызванные вращением. С помощью этой методики были получены периоды вращения нескольких тысяч астероидов.

Кривые блеска астероидов

Подобно планетам, астероиды светятся отраженным солнечным светом. Поскольку расстояние астероида до Солнца и Земли меняется по мере того, как астероид и Земля вращаются вокруг Солнца, яркость астероида также меняется со временем. Помимо этого легко предсказуемого изменения яркости, астероиды также демонстрируют изменения яркости, вызванные их неправильной формой и вращением.

Астероиды вращаются, сечение видимой и освещенной части их поверхности меняется со временем, а значит, меняется и их яркость. Это изменение яркости называется кривой блеска.

Измеряя кривые блеска, мы можем измерить периоды вращения астероидов. Форма кривой блеска зависит от взаимной геометрии Солнца, Земли и астероида (которая известна, поскольку мы знаем орбиту астероида в Солнечной системе), а также от ориентации и формы оси вращения астероида (что мы и делаем).

Инверсия кривой блеска

Если имеется достаточно кривых блеска различной геометрии, можно получить модель формы, направление оси вращения и период вращения астероида.

Например, почти сферический астероид будет постоянно ярким, тогда как вытянутый астероид будет демонстрировать большие изменения яркости, если смотреть с ребра, и небольшие изменения, если смотреть с полюса. Процесс реконструкции формы и спина по кривым блеска называется инверсией кривых блеска.

С математической точки зрения инверсия кривой блеска — хороший и интересный пример обратной задачи. Можно показать, что на основе кривых блеска можно получить уникальную модель астероида выпуклой формы. С астрономической точки зрения метод инверсии кривых блеска позволяет выявить основные физические характеристики отдельных астероидов, инвертируя их кривые блеска. На данный момент таким образом были получены модели более чем 200 астероидов. Они хранятся в базе данных моделей астероидов по методам инверсии (DAMIT).

Научные результаты

https://asteroidsathome.net/scientific_results.html

Последнее обновление: 07.05.2015. Отчет о проделанной работе (сентябрь 2015 г.) № 01 Asteroids@home — проект распределенных вычислений BOINC для реконструкции формы астероидов (2015 г.) Модели астероидов из фотометрической базы данных Лоуэлла (2016 г.) Модели астероидов, реконструированные на основе фотометрической базы данных Лоуэлла и данных WISE (2018 г.) Полученные на данный момент модели астероидов:

Здесь λ и β — эклиптическая долгота и широта направления оси вращения, а P — период вращения. Обычно для одного астероида существует два возможных направления полюсов и соответствующие модели формы - инверсия кривой блеска не может решить эту двусмысленность для астероидов, вращающихся вокруг плоскости эклиптики. На каждом рисунке показана соответствующая модель формы со стороны экватора (первые два вида, разнесенные на 90 градусов) и с полюса (третий вид). В столбце «Рассчитано» перечислены все пользователи, предоставившие действительные результаты, содержащие решение, указанное в таблице. Публикации Этот плакат с описанием проекта был представлен на 44-м ежегодном собрании Отдела планетарных наук Американского астрономического общества (http://www.psi.edu/dps12/).

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view

https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

https://boinc.ru

Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.

https://github.com/BOINC/boinc

Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Проект Asteroids@home Космос, Астрономия, Астероид, Проект, Boinc, Длиннопост
Показать полностью 16
Космос Астрономия Астероид Проект Boinc Длиннопост
0
Programma.Boinc
Programma.Boinc
1 год назад

Дэвид Андерсон и Алекс Пискун о прошлом и будущем BOINC (BOINC Workshop 2023)⁠⁠

Наука Boinc Workshop 2023 Видео YouTube
0
6
Programma.Boinc
Programma.Boinc
1 год назад

Новость от проекта MilkyWay@home. 2023 г⁠⁠

Новость от проекта MilkyWay@home. 2023 г.

https://milkyway.cs.rpi.edu/milkyway/forum_thread.php?id=5007

Уважаемые волонтеры!

Мы начинаем закрывать проект Separation (обратите внимание, что он отличается от проекта N-Body, который все еще нуждается в вашей помощи!!!).

Благодаря вашему вычислительному вкладу мы выполнили цели, которые мы поставили перед собой в этом проекте, поэтому мы собираемся закрыть проект «Разделение» в ближайшем будущем.

Мы планируем представить статью, содержащую окончательные результаты проекта «Разделение», в академический журнал в ближайшем будущем. Возможно, рецензент может запросить изменения, связанные с повторным запуском данных разделения, и в этом случае мы можем вернуть их на короткое время, но пока это не произойдет, нам не нужно для этого ваше компьютерное время.

Мы хотели бы искренне поблагодарить вас за все время и усилия, которые вы потратили, помогая нам выполнить эту важную задачу. Успехом проекта мы обязаны всем вам.

С этим объявлением приходит несколько обновлений для MilkyWay@home: MilkyWay@home продолжит свое существование, но только как проект Nbody.

Из-за сложности выполнения кода дерева Nbody на графическом процессоре скорость выполнения Nbody на графическом процессоре незначительна по сравнению с эквивалентным процессором. Несмотря на то, что мы провели бета-тестирование полного приложения GPU Nbody, мы решили не развертывать его из-за опасений по поводу его поддержки; среди прочего, поддержка GPU Nbody потребует изменения кода GPU каждый раз, когда обновляется код CPU, и проверки того, что каждое изменение проверено и работает одинаково на обеих платформах.

Поскольку мы активно работаем над расширениями кода Nbody, включающими такие вещи, как эффекты гравитации Большого Магелланова Облака и последствия самовоздействия темной материи на формирование приливных потоков, эта параллельная поддержка будет затруднена.

Итак, когда Separation закроется, мы прекратим поддержку GPU для MilkyWay@home.

Это больше всего повлияет на людей, выполняющих большое количество операций разделения на высокопроизводительных графических процессорах; эти пользователи могут рассчитывать на гораздо меньшую сумму кредита за раз, чем раньше.

Если вы вносите только циклы ЦП, ваша способность зарабатывать кредиты не пострадает. Мы по-прежнему хотим, чтобы как можно больше людей вкладывали процессорное время в MilkyWay@home!

Однако мы понимаем, что если ваша цель — использовать графические процессоры для быстрого получения большого количества кредитов, есть более эффективные способы сделать это и другие проекты, которые могут лучше использовать ваши ресурсы.

Мы будем признательны за ваш вклад в это, потому что мы ожидаем, что пользователям, ориентированным на GPU, вероятно, потребуется некоторое время, чтобы переключить это оборудование на другие проекты.

Как долго вы хотите, чтобы мы ждали, прежде чем мы закроем Разделение?

Еще раз большое спасибо за то, что разрешили нам использовать ваши процессоры!

Они не только расширили наши знания о галактике Млечный Путь, в которой мы живем, но также защитили пять докторских диссертаций и обучили десятки студентов бакалавриата создавать и обслуживать большие и сложные вычислительные системы.

Эти студенты и я благодарим вас за ваш вклад. Мы опубликуем окончательные результаты проекта «Разделение», вероятно, позже в этом году, после того, как они пройдут процесс рецензирования (который занимает в среднем около шести месяцев с большим разбросом).

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view

https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

https://boinc.ru

Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.

https://github.com/BOINC/boinc

Показать полностью
Космос Астрономия Волонтерство Добровольцы Boinc Текст
0
4
Programma.Boinc
Programma.Boinc
2 года назад

Обновленная информация об исследованиях от группы проекта по иммунитету к микробиому (май 2023 г.)⁠⁠

Обновленная информация об исследованиях от группы проекта по иммунитету к микробиому (май 2023 г.)

Команда проекта «Иммунитет к микробиому» опубликовала новую статью о структуре и функции белков микробиома человека.

Проект: Проект иммунитета к микробиому

Опубликовано: 5 мая 2023

Фон

В то время как бактерии в целом могут быть вредны для человека, так как они могут вызывать такие заболевания, как пневмония, менингит, стрептококковое горло, пищевое отравление (кишечная палочка и сальмонелла), бактерии в кишечнике человека также выполняют защитные функции. В течение многих лет ученые изучали различные типы бактерий в организме человека и характеризовали те, которые могут быть вредными или полезными, но подавляющее большинство остается плохо охарактеризованным. По оценкам, существует около 3 миллионов уникальных бактериальных генов, изучение всех полученных белков и определение их функции является сложной задачей.

Проект иммунитета к микробиому стартовал в августе 2017 года с целью ускорить исследования белковых молекул благодаря возможностям сетевых вычислений.

К моменту завершения вычислений в Декабрье 2021, Добровольцы World Community Grid пожертвовали почти 146 000 процессоролет . Эти усилия позволили команде предсказать структуру почти 200 000 белков, обнаружить более 150 новых форм белков (складок), описать несколько ранее неизвестных функций белковых структур и почти удвоить количество аннотированных белков в микробиоме кишечника человека.

Статья «Белковая вселенная»

Команда MIP недавно опубликовала свою статью в Nature Communications под названием Взаимосвязи последовательности-структуры-функции во вселенной микробных белков[1]. В этой статье исследуется представление о том, что белки с похожими последовательностями не обязательно будут создавать похожие структуры, выполняющие одни и те же функции, вопреки давнему убеждению среди ученых.

Используя базу данных MIP, которую помогли создать добровольцы WCG, в статье исследуются примеры, когда белки, сходные по последовательности, выполняют разные функции.

Команда MIP проанализировала 2 миллиона белковых последовательностей, которые не имели известной структуры ни в одной другой базе данных. Затем они использовали методы Rosetta и DMPFold для прогнозирования белковых структур в трехэтапном процессе. Чтобы отфильтровать прогнозы низкого качества, они сначала определили пороговое количество остатков катушек (которые образуют спирали), выше которого структуры не были надежными. Во-вторых, они использовали оценки достоверности и качества для определения прогнозируемого качества[2]. В-третьих, приоритет был отдан моделям в соответствии с 2 методами. В итоге было идентифицировано и охарактеризовано около 200 000 моделей.

Рисунок 1. Блок-схема процесса для получения ~ 200 000 моделей белков de novo, охватывающих разнообразное пространство последовательностей [1]. Повторно использовано из статьи Koehler et al., Nature Communications, 2023 г., с разрешения под лицензией Creative Common CCBY3.0.

Эта новая база данных дает уникальное представление о микробиоме кишечника, поскольку она отличается по охвату и объему от предыдущих усилий. Исследователи сравнили набор из 200 000 моделей с базой данных PDB90 из Банка данных белка и других баз данных белковых структур, чтобы определить, что предсказанные структуры были новыми.

Фактором, влияющим на разницу между двумя базами данных, является наличие белков архей и бактерий в базе данных MIP, вида, плохо представленного в других базах данных. Более того, размер анализируемой последовательности меньше, чем в других базах данных (прогнозируемые белковые структуры варьировались от 40 до 200 остатков), и менее смещен в сторону интересующих белков, как в случае PDB90 (который содержит белки, более склонные к определению структуры и возможным фармацевтическим мишеням, что приводит к множеству близких вариантов одних и тех же структур). Это делает MIP комплементарным по отношению к другим базам данных.

Чтобы проверить, повлияло ли это на взаимосвязь последовательность-структура-функция, они проанализировали структурное и функциональное сходство 5 структур из MIP и 2000 базовых структур из баз данных PDB. При корреляции структурного и функционального сходства большинство пар показали ожидаемое поведение (т. е. разная структура, другая функция или одна и та же структура, одна и та же функция), но заметное количество пар вели себя вопреки своим ожиданиям. Анализируя дискордантные пары, авторы обнаружили, что более общие функции могут выполняться несколькими типами структур, в то время как очень специфические механизмы выполняются только уникальными структурами.

Рисунок 2. Тепловые карты, показывающие функциональное сходство между парами белковых кластеров. Кластеры 158 и 153 (вверху слева и справа) охватывают белки со схожей структурой (внизу слева и справа) и расходящимися функциями [1]. Повторно использовано из статьи Koehler et al., Nature Communications, 2023 г., с разрешения под лицензией Creative Common CCBY3.0.

Это исследование прокладывает путь к разработке инструментов для изучения и прогнозирования специфических белковых функций для других организмов, чтобы лучше понять роль специфических структур и функций, связанных с биологическими функциями.

«До сих пор мы говорили о микробиоме на том же языке, который можно было бы использовать для описания биоразнообразия тропического леса», — говорит доктор Томаш Костиолек, член исследовательской группы MIP. «Мы надеемся начать говорить об этом в более механистических терминах, например, о том, какие молекулы могут усиливать, ингибировать или изменять определенные биологические процессы».

Благодарим команду проекта «Иммунитет к микробиому» за предоставление этого обновления. Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в Эта ветка чтобы мы ответили.

Благодарю вас за вашу постоянную поддержку, которая ускоряет крупномасштабные научные исследования на благо человечества.

Команда WCG

Ссылки:

Келер Леман, Дж., Щербяк,., Ренфрю,.Д. и др. Последовательность-структура-функция взаимосвязей во вселенной микробных белков. Nature Communications 14, 2351 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-37896-w.

Чжан Ю., Сколник Д. Скоринговая функция для автоматизированной оценки качества матрицы структуры белка. Белки. 2004 Декабрь 1;57(4):702-10. DOI: 10.1002/prot.20264. Опечатка в: Белки. 2007 Сентябрь 1;68(4):1020. PMID: 15476259.

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view

https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

https://boinc.ru

Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.

https://github.com/BOINC/boinc

Обновленная информация об исследованиях от группы проекта по иммунитету к микробиому (май 2023 г.) Наука, Информация, Исследования, Микробиом, Boinc, Длиннопост
Обновленная информация об исследованиях от группы проекта по иммунитету к микробиому (май 2023 г.) Наука, Информация, Исследования, Микробиом, Boinc, Длиннопост
Показать полностью 2
Наука Информация Исследования Микробиом Boinc Длиннопост
0
Programma.Boinc
Programma.Boinc
2 года назад

BOINC-проекту ОДЛК исполнилось шесть лет!⁠⁠

Дорогие друзья!

BOINC-проекту ОДЛК исполнилось шесть лет!

https://boinc.progger.info/odlk/forum_thread.php?id=244

BOINC-проекту ОДЛК исполнилось шесть лет! День рождения, Boinc, Коллаж, Gris



Спасибо всем, кто остаётся с нами!

Автор коллажа gris (по моей идее).

День рождения Boinc Коллаж Gris
2
0
Programma.Boinc
Programma.Boinc
2 года назад
Про железо

А вот мой новый intel core i3 10105f помогает науке делом, участвует в исследовании рака, космоса и математических расчетах...⁠⁠

А вот мой новый intel core i3 10105f помогает науке делом, участвует в исследовании рака, космоса и математических расчетах...

А вот мой новый intel core i3 10105f помогает науке делом, участвует в исследовании рака, космоса и математических расчетах... Наука, Космос, НаукаPRO, Научпоп, Исследования, Boinc, Компьютер
А вот мой новый intel core i3 10105f помогает науке делом, участвует в исследовании рака, космоса и математических расчетах... Наука, Космос, НаукаPRO, Научпоп, Исследования, Boinc, Компьютер
А вот мой новый intel core i3 10105f помогает науке делом, участвует в исследовании рака, космоса и математических расчетах... Наука, Космос, НаукаPRO, Научпоп, Исследования, Boinc, Компьютер
Показать полностью 2
Наука Космос НаукаPRO Научпоп Исследования Boinc Компьютер
8
Programma.Boinc
Programma.Boinc
2 года назад

О заданиях к 22-й мишени в проекте SiDock@home⁠⁠

О заданиях к 22-й мишени в проекте SiDock@home.

О заданиях к 22-й мишени. Длительность их обработки самая большая из тех, что были до сих пор. На Ryzen 3900X большая часть обрабатывается за время от 16 до 36 часов, значительно меньшая - менее, чем за 16 часов или наоборот - больше 36. Самое длинное из тех, что считалось у меня на компьютере - 46 часов. В связи с этим срок ожидания результатов был увеличен с 6 до 14 дней. Для BOINC-проектов - далеко не рекорд, но и больше среднего, конечно.

Причин несколько.

Во-первых - большой размер области в которой нужно моделировать взаимодействие атомов и молекул - 7887 A^3;

Во-вторых, (исключительно моё предположение) - какие-то дополнительные свойства самой области;

В-третьих - мы пробуем увеличить качество результатов. Здесь, думаю, надо рассказать, что подробнее.

В библиотеке лигандов, проверяемой на связывание с мишенью - около миллиарда соединений, энергия связывания которых с ней различается в разы даже в рамках среднестатистического произвольно взятого задания. Для небольшой выборки, которую мы использовали для оценки времени выполнения и объёма результатов, она различалась где-то в 4 - 5 раз. По библиотеке в целом различие будет ещё больше. Поэтому, ни отправлять на сервер результаты по всем лигандам из задания, ни тем более - передавать их все в лабораторию - нет смысла. Значит, из всего набора результатов моделирования надо оставлять только те, от которых может быть какая-то польза, чтобы уже из них научная группа могла бы отобрать наиболее интересные.

Но моделирование взаимодействия каждого лиганда с мишенью - процесс вероятностный. Вычислительный модуль (в том числе с использованием генератора случайных чисел) пытается найти положение лиганда относительно мишени, при котором его энергия связи будет наиболее отрицательной (то есть, молекулярные связи будут как можно сильнее).

Самый простой вариант - взять и каждый лиганд попробовать "подоткнуть" к мишени N раз и те лиганды, энергия связи которых будет ниже некоего порога - отправлять на сервер. Но это не лучший вариант, потому что из миллиарда лигандов, на выходе, должно получиться их относительно небольшое число (сотые или тысячные доли процента, а то и меньше), которые, однако, надо ещё и про ранжировать между собой - кто лучше, а кто хуже, а, чтобы провести такое ранжирование уже между "хорошими молекулами" моделирование взаимодействия для каждой из них надо провести много раз (лучше, если несколько десятков).

А если каждый лиганд обсчитывать, например, 30 или 50 раз, то обработка данных всей библиотеки может потребовать несколько лет. Задать же число N небольшим (например, 5 раз) - тоже не очень хороший вариант, так как мы можем пропустить какой-то "хороший лиганд", которому просто не повезло в эти первые 5 раз. Да и тот самый "пик" лигандов, которые в итоге пойдут в лабораторию, будет в некоторой степени случайным из-за слишком малого числа попыток, не давших достаточно точных данных по энергии связи. Но при этом хочется ещё и результат получать не очень большой, и чтобы "не подходящие" соединения в него не попали, а "перспективные" - не были отсеяны.

Поэтому делается "лесенка фильтров". Для каждого лиганда выполнятся некоторое обязательное число попыток моделирования реакции с мишенью. Затем, на основании наименьшей полученной энергии связи (ну, она же отрицательная, чем меньше - тем сильнее!) лиганд либо отбрасывается, если не проходит самый "большой фильтр", либо моделирование продолжается, после чего идёт сравнение с более "низким фильтром". Для наиболее сильно связывающихся молекул ограничивается уже просто число "прогонов".

Подобная лестница из фильтров позволяет довольно быстро отбросить около 40% - 50% лигандов из задания, которые либо ну очень уж невезучие (теоретически такое может быть, но вероятность этого мала, так как первый фильтр значительно слабее итогового), либо они просто не походят к данной мишени. После, ещё двумя ступеньками отфильтровываются те, что не попадут в файл результата, а вот те, что попадут - обрабатываются ещё, моделирование их взаимодействия ограничено уже максимально допустимым числом "прогонов".

И, наконец, чтобы уменьшить вероятность того, что мы что-то пропустим из-за невезучести, или сбоя машины или чего-то ещё, каждый кусочек библиотеки обрабатывается в двух разных workunit-ах. В итоге, мы имеем очень большую вычислительную задачу, на решение которой при нынешней мощности проекта уйдёт года полтора - два. Или даже больше. Так что если у кого есть мощные (да и вообще любые) CPU-молотилки, то айда к нам, заданий хватит надолго. 🙂

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view

https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

https://boinc.ru

Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.

https://github.com/BOINC/boinc

О заданиях к 22-й мишени в проекте SiDock@home Наука, Исследования, Boinc, Проект, Мишень, Гифка, Длиннопост
О заданиях к 22-й мишени в проекте SiDock@home Наука, Исследования, Boinc, Проект, Мишень, Гифка, Длиннопост
О заданиях к 22-й мишени в проекте SiDock@home Наука, Исследования, Boinc, Проект, Мишень, Гифка, Длиннопост
Показать полностью 3
Наука Исследования Boinc Проект Мишень Гифка Длиннопост
2
4
Programma.Boinc
Programma.Boinc
2 года назад

Проект SCC начинает новый этап в своем стремлении вылечить детский рак⁠⁠

Проект SCC начинает новый этап в своем стремлении вылечить детский рак

Проект SCC вступил в следующую фазу исследований, и были подготовлены новые рабочие единицы для перезапуска BOINC.

Проект: Разбить детский рак

https://www.worldcommunitygrid.org/research/scc1/overview.do

Опубликовано: 22 марта 2023 г.

Фон

В то время как белки и другие молекулы, которые играют ключевую роль в развитии рака у детей, были идентифицированы, поиск кандидатов в химические соединения (лекарства), которые могут воздействовать на эти молекулы и изменять их функцию, является длительным процессом.

Используя вычислительную мощность WCG, команда Smash Childhood Cancer смогла найти миллионы лекарств-кандидатов для возможного клинического применения.

Проект работал с перерывами, выявляя возможные кандидаты в лекарства, а затем тестируя их в лаборатории. По состоянию на декабрь 2020 года волонтеры WCG пожертвовали команде SCC 48 000 часов вычислений. С тех пор команда была занята проверкой полученных результатов (см. последние обновления).

https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=777

Обновление за март 2023 г.

https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=765

Мы рады поделиться новостью от команды Smash Childhood Cancer о начале нового этапа в их стремлении вылечить рак.

Новым целевым белком является MyoD1 (белок миогенной дифференцировки и одна из его мутаций, L122R.

MyoD1 представляет собой фактор транскрипции, который активирует специфичные для мышц гены и участвует в переключении между ростом клеток и дифференцировкой клеток. Потеря контроля над этим переключателем может вызвать образование рибомиосарком.

https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=MYOD1

https://www.rcsb.org/structure/1mdy

L122R — это мутация, часто встречающаяся при рибомиосаркоме, и она связана с худшим прогнозом протекания болезни. Учитывая кристаллическую структуру, хранящуюся в базе данных белков, цель состоит в том, чтобы найти соединения, которые действуют на мутантный тип, но не действуют на дикий тип.

Кристаллическая структура комплекса MyoD домен bHLH-ДНК: перспективы распознавания ДНК и последствия для активации транскрипции.

Для помощи в поиске были подготовлены новые рабочие единицы SCC, и волонтеры, которые следят за этим проектом, смогут загрузить их, как только мы перезапустим BOINC после сбоя хранилища.

Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили. Спасибо за вашу поддержку, терпение и понимание.

https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,45140

команда WCG

Источники:

Себир, Нью-Джерси, Мэлоун М. Экспрессия миогенина и MyoD1 при рибомиосаркомах у детей. Журнал клинической патологии 2003; 56:412-416.

Мутация MYOD1 взаимодействует с активацией пути PI3K в ERMS. Рак Дисков 1 июля 2014 г. 4 (7): OF19. https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-RW2014-109.

Кристаллическая структура комплекса MyoD bHLH домен-ДНК: перспективы распознавания ДНК и последствия для активации транскрипции. Ма, П.К., Роулд, М.А., Вайнтрауб, Х., Пабо, К.О. Ячейка 77: 451-459. PubMed: 8181063. PDB DOI: https://doi.org/10.1016/0092-8674(94)90159-7

https://doi.org/10.1016/0092-8674(94)90159-7

https://www.rcsb.org/search?q=rcsb_pubmed_container_identifiers.pubmed_id:8181063

Познакомиться с проектами распределенных вычислений можно здесь, (http://www.boinc.ru/projects/project.aspx) а задать любые вопросы на форуме.

Если надумали стать участником российской команды распределенных вычислений - ПРИСОЕДИНЯЙТЕСЬ. (http://www.boinc.ru/team/russia_team.htm)

Проект SCC начинает новый этап в своем стремлении вылечить детский рак Наука, Проект, Boinc, Исследования, Длиннопост
Показать полностью 1
Наука Проект Boinc Исследования Длиннопост
0
Посты не найдены
О Нас
О Пикабу
Контакты
Реклама
Сообщить об ошибке
Сообщить о нарушении законодательства
Отзывы и предложения
Новости Пикабу
RSS
Информация
Помощь
Кодекс Пикабу
Награды
Команда Пикабу
Бан-лист
Конфиденциальность
Правила соцсети
О рекомендациях
Наши проекты
Блоги
Работа
Промокоды
Игры
Скидки
Курсы
Зал славы
Mobile
Мобильное приложение
Партнёры
Промокоды Biggeek
Промокоды Маркет Деливери
Промокоды Яндекс Путешествия
Промокоды М.Видео
Промокоды в Ленте Онлайн
Промокоды Тефаль
Промокоды Сбермаркет
Промокоды Спортмастер
Постила
Футбол сегодня
На информационном ресурсе Pikabu.ru применяются рекомендательные технологии