Цитохромы P450 (CYP) представляют собой белки, отвечающие за распад более 80% всех лекарств, одобренных Управлением по контролю за продуктами и лекарствами (FDA), что снижает их эффективность. Однако вопрос о том, как предотвратить действие CYP без побочных эффектов, оставался неразрешённым для исследователей до настоящего времени.
Учёные из Исследовательской больницы Святого Иуды разработали новые лекарственные структуры, которые избирательно нацеливаются на CYP3A4, один из наиболее критически важных белков CYP. Структурные данные, полученные в ходе этой работы, предоставляют дорожную карту для будущих разработчиков лекарств, позволяя лучше оценивать лекарственные взаимодействия и избирательно нацеливаться на белки CYP. Результаты исследования опубликованы в журнале Nature Communications.
CYP3A4 расщепляет лекарства, применяемые для лечения различных заболеваний, включая противораковый агент "Паклитаксел" и терапевтическое средство против COVID-19 "Нирматрелвир". Ингибиторы CYP3A4 часто применяются совместно, чтобы уменьшить его влияние. К таким ингибиторам относится "Ритонавир", который комбинируется с "Нирматрелвиром" в препарате Paxlovid для лечения лёгкой формы COVID-19. Однако такие ингибиторы CYP3A4 часто воздействуют и на сходный, но отличающийся CYP3A5 из-за общих характеристик двух белков, таких как большие и разнообразные связывающие участки, а также на другие непреднамеренные CYP.
Если не учитывать этот факт, непреднамеренное ингибирование CYP3A5 и других CYP может иметь серьёзные последствия.
«Когда используется не выборочный ингибитор CYP3A, чтобы поддерживать эффективность препарата, метаболизируемого CYP3A4, ненужное ингибирование других CYP приведёт к опасному повышению уровня препаратов в плазме, метаболизируемых непреднамеренными CYP», — отметил ведущий автор исследования Таошен Чен, доктор философии, PMP, из Департамента химической биологии и терапевтики Святого Иуды.
Чтобы удовлетворить потребность в более избирательных ингибиторах CYP3A4, исследователи провели высокопроизводительный скрининг, сократив 9299 кандидатов до панели из трёх структур ингибиторов, которые обеспечивают избирательное и мощное ингибирование CYP3A4.
Структурные исследования выявили ключевую петлю в связывающем кармане
Учёные использовали рентгеновскую кристаллографию для изучения механизма их селективности. Структурное сравнение между CYP3A4 и CYP3A5 показало наличие петли на конце белка CYP3A5 (его C-терминус), которая действует как физический барьер.
«У CYP3A5 более узкий связывающий карман, что препятствует связыванию ингибиторов CYP3A4», — пояснил Чен.
Используя эту информацию, исследователи оптимизировали структуру ингибитора, чтобы максимизировать селективность и мощность. Один из оптимизированных ингибиторов, SCM-08, продемонстрировал 46-кратное различие в ингибировании CYP3A4 по сравнению с CYP3A5 и избегает взаимодействия с другими белками CYP, которые вовлечены в непреднамеренное связывание существующих ингибиторов CYP.
SCM-08 может стать ключевой отправной точкой для разработки ещё более избирательных ингибиторов CYP3A4.
«Наша цель — улучшить мощность, сохраняя при этом селективность наших ингибиторов, избирательно нацеленных на CYP3A4», — добавил Чен. «Эти соединения являются отправными точками для достижения этой цели, что теперь возможно благодаря структурной основе селективности, которую мы раскрыли».
Соавторами исследования стали Цзинхэн Ван, Стэнли Нитианантам, Серхио Чай и Ён-Хван Чжун из Святого Иуды. Другими авторами исследования являются Лэй Ян, Хан Вэ Онг, Ён Ли, Ифань Чжан и Дарси Миллер из Святого Иуды.