Фильм (как произведение искусства) есть отражение объективной реальности – в специфической форме языка кино. То есть сам вопрос "что хотел сказать автор?" несёт неверную предпосылку – то, что автор хотел сказать художественным языком, он уже высказал - своим фильмом.

А вот то, что автор подразумевал, какое понимание вкладывал в фильм - это уже из другой области, это область знания, отражение материи в форме понятий. И часто бывает, что художник, безусловно талантливый в своей области, вне её - “плавает", показывая слабое понимание устройства общества (как в случае с Матрицей).

Но дух, ощущение современного авторам общества "Матрица" передаёт прекрасно, поскольку общество товарообмена, когда рабочая сила становится товаром, есть общество обмана, подделок и контрафакта. Это "матрица", где все формально вроде бы равны, но есть "агенты", которые сами пишут правила. Эта характернешая черта, обман, которая проявилась с первых шагов капитализма. (Надо понимать, что это был серьёзный шаг вперёд по сравнению феодаными порядками, хотя там вас никто не обманывал - родился крестьяном, крестьянином и умрёшь).