Как построить карьеру в науке

Спойлер - никак.

Хотел бы немного рассказать о своем опыте учебы в Финляндии, а конкретно в Lappeenranta University of Technology. Я постоянно живу и работаю в Санкт-Петербурге в инженерной сфере, но конечно бываю и в Финляндии. Как-то раз я решил вернуться к своему давнему желанию написать диссертацию, посвящённую инженерии в каком-либо ее проявлении.
Если честно, я даже не думал о том, чтобы учиться или тем более работать в Европе. Но товарищи из Петербуржского Политехнического посоветовали мне профессора, который недавно переехал работать в Lappeenranta University of Technology и которому очень нужны были аспиранты. Я написал ему, и он согласился меня взять в аспиранты. В качестве тематики мы выбрали Системы автоматизированного проектирования (CAD) и Эскизное проектирование (Conceptual Design). К слову сказать, не обязательно иметь личное знакомство, чтобы попасть в аспирантуру - со мной учился парень который просто написал в Университет, что хочет у них учиться. Также я сразу обговорил с Профессором возможность того, что я буду учиться удаленно, он подтвердил, что это возможно. Для этого есть специальная программа - Industrial student (аспиранты, которые работают и учатся - что-то типа соискателей у нас).

Шаг нулевой - Что же такое учеба в аспирантуре в Финляндии.
Для защиты диссертации необходимо написать минимум 3 статьи с рейтингом JUFO (местный табель о рангах среди журналов) не менее 1 (всего 4 ступени, от 0 до 3). Также необходимо набрать 45 так называемых крЕдита (ECTS). Для того чтобы их получить, надо либо пройти курс в LUT (очно или дистанционно), или пройти онлайн-курс (причем руководитель должен согласовать его), либо же прочитать книгу (опять же согласованную с руководителем) и написать эссе по ней. Курсы проходятся также не какие нравятся, а по так, чтобы 2/3 кредитов были по своей тематике. Например, курс Artificial intelligence на 6 кредитов мне подходил, а Economics на 5 не очень. Количество кредитов зависит от длительности курса, если не ошибаюсь 26 часов учебы = 1 кредит. Обучение ведется на английском, хотя его уровень при поступлении никто не проверяет.

Шаг первый - Поступление.
Для поступления надо выполнить несколько несложных формальных шагов - написать план работ (из расчета 3-4 года) с указанием крупными мазками, чем же вы будете заниматься и предоставить свои документы о высшем образовании на английском языке (с заверенным переводом). Поскольку я учился в СПбПУ (Политех) никаких проблем с подтверждением диплома не возникло. План включал в себя список из десятка книг по инженерии и клятвенным уверением написать 3 статьи. Прием в аспирантуру ведется круглогодично. Всё общение производиться по электронной почте. В итоге, в ноябре я выслал копии своих документов, а в декабре получил уведомление, что я зачислен на курс Doctor of Science in Technology (Industrial Engineering and Management).

Шаг второй - Первый год учебы.
Для начала, я решил набирать кредиты. Для этого, я решил приехать в LUT на 2 недели на зимнюю школу и пройти два интенсивных курса (по 3 ECTS каждый), а также прочитать и сделать эссе книги Pugh "Total Design".
Зимняя школа меня удивила - то как проходили занятия крайне отличалось от моей учебы в России. Упор был сделан на занятиях в командах и решений практических задач. После зимней школы я понял, что уровень моего английского явно недостаточен, а Pugh со своим Total Design меня добил. Пришлось садиться за книги и вспоминать английский. Также, я подписался на парочку курсов на курсере, чтобы поднабрать еще кредитов.
Весной Профессор неожиданно вспомнил о моем существовании и грозно предложил поехать на конференцию и что-то там рассказать (естественно о том, чем я занимаюсь). Пришлось срочно читать десятки статей, чтобы слепить хоть что-то напоминающее научную статью. Я решил писать о функциональных моделях и как я собираюсь их использовать в эскизном проектировании. Эта часть учебы была похожа на ад (только чуть похуже) - я приходил с работы (которая вообще никак не связана с моей учебой) и до позднего вечера читал статьи или набрасывал что-то для конференции. Здесь я и понял - чтобы учиться и работать нужна железная воля или человек с палкой который будет бить тебя по голове, как только ты отрываешься от учебы.
В итоге осенью мы поехали на конференцию в Германию, где я заикаясь, краснея и бледнея проблеял свои тезисы. Тут меня постигло еще одно удивление - для того, чтобы поехать не нужно было ничего. Получаешь ок от руководителя по электронной почте, выбираешь гостиницу и билеты, а LUT все оплачивает. Единственное, индустриальным студентам не полагается никаких командировочных.
К декабрю, зачтя 12 кредитов, я смог немного выдохнуть. В общем первый год прошел как в анекдоте - Ты едешь на велосипеде, но только ты горишь, велосипед горит и все вокруг горит.

К сожалению, уже вышла большая портянка, поэтому продолжу позже. Если что - готов ответить на вопросы.

Я очень сильно хотела учиться за границей и иметь престижное образование с хорошими перспективами на дальнейшую работу.

Но жить и учиться за границей - очень дорогое удовольствие и средств у мения для этого не было.

Поэтому после окончания института стала активно заниматься поиском стажировок, PhD грантов и писать профессорам по всей Европе, область работы которых соответствовала моей специальности (искала в основном по биотехнологии). Также подавалась на всевозможные самостоятельные гранты.

Для получения гранта существуют два подхода.

Первый. Поиск профессора.

Вы пишете профессору, если ему нравится ваше CV, он с вами связывается и устраивает интервью по скайпу. Обычно у профессоров есть финансирование с каких-либо грантов и если вы ему понравитесь, то он предложит вам работать у него или совместно подаваться на какой-нибудь грант.

Также он может вам предложить отправить документы в отдел для аспирантов, чтобы там подтвердили, что вы квалифицированы для PhD. (как правило специалитета для поступления достаточно, а если вы учились на бакалавриате, то также требуется магистратура) Для того чтобы добиться результата нужно отправить очень много писем, потому что многие вам откажут. Сделайте это вашей системой, выделите час-два на протяжении дня и каждый день отправляйте определенное количество писем.

Для того чтобы найти профессора заходим на вебсайт института в стране вашего выбора, выбираем кафедру по интересующему направлению – изучаем проекты которыми занимается профессор и смотрим его публикации – отправляем вежливое письмо с высказыванием нашего интереса к проектам, которыми он занимается. В письме нужно указать что у вас имеется опыт по работе с похожим проектом (если он действительно имеется) и отправить CV.

Второй. Поиск грантов.

Сразу скажу, что получить такие виды грантов сложнее, т.к. надо пройти через общий конкурс, а подаются на такие стипендии студенты со всего мира.

Есть две системы по поиску гранта на PhD

1) можно смотреть гранты на сайтах интересующих вас институтов.

Как правило, такие гранты финансируются государством или частными организациями соответствующей страны

Посмотрите в интересующей вас стране список научных организаций по вашему направлению и изучите их сайты, там они должны публиковать информацию о том, когда у них проходят конкурсы на получении стипендии (обычно прием документов заканчивается в январе-феврале).

2)Поиск стипендий на специально предназначенных для этого вебсайтах.

Здесь привожу список сайтов, которые я использовала при своем поиске:

https://euraxess.ec.europa.eu/

naturejobs.com

https://www.lifescience.net/jobs/

http://www.scholarshipportal.com/

Дополнительные ссылки на гранты:

http://gzgu.ru/doc/vo-info/2018/st_Pr.pdf

https://www.daad.ru/ru/stipendien/aspirantura-v-germanii/

Для подачи заявки на грант, как правило, необходимы следующие документы

-CV (я составляла в программе Europass)

При его написании обратите внимание на четкость и понятность написания каждого пункта (образование; опыт работы; личные качества – лидерские качества, навыки коммуникации, хорошая самоорганизация; профессиональные навыки; знание языков; дополнительные курсы; участие в конференциях и т.д.)

Также даже если у вас нет опыта участия в конференциях и конкурсах, начните подаваться на разные дистанционные конференции и конкурсы (особенно международные), куда можете посылать тезисы написанные по материалам вашей дипломной работы. Никто особенно разбираться не будет, что у вас там конкретно написано в каждой публикации, но если увидят, что вы активно участвуете во всяких международных конференциях и конкурсах, это будет большим плюсом.

- мотивационное письмо

Напишите коротко о том, что подтолкнуло вас в вашей жизни заниматься тем, чем вы занимаетесь, что вы умеете делать и самое главное – какую пользу Вы и Ваши знания и навыки сможете принести для проекта и организации куда вы подаетесь. Уделите этому наибольшее внимание в вашем письме.

- переведенный и заверенный диплом

Первое время при переписке с профессорами отправляла неофицально перевод диплома, сделанный мною. В дальнейшем для подачи на гранты уже отправляла официально переведенный и заверенный диплом.

-рекомендательные письма

Как правило, вы сами должны их написать и дать на подпись на место вашей работы/учебы/знакомым ученым. Здесь важно написать о ваших успехах в учебе, о ваших положительных личных качествах, что обладаете мотивацией к саморазвитию и развитию науки, проявляете интерес к постоянному повышению вашей квалификации, участию в конференциях, конкурсах и т.д.

Думайте о том, что если у вас образование обычного университета, ваш шанс при подаче равен примерно 2/100. Поэтому подавайте так много заявок, как только возможно, я за время поиска подала не менее 100 заявок.

Результаты, которые я получила

- соглашение о сотрудничестве с двумя профессорами из Мюнхена и из Барселоны

- грант на стажировку от Фонда Boehringer Ingelheim

- грант на стажировку по Стипендии Президента

- получение гранта DAAD на PhD в Германии

- получение гранта на PhD в Испании

Желаю вам удачи в Вашем поиске гранта за рубежом и буду рада ответить на вопросы или поделиться дополнительными ресурсами, которые вас интересуют.

P.S. Если вы биолог/биотехнолог, буду рада поделиться списком научных институтов в Испании.

Достаточно часто бывают ситуации, когда в лаборатории есть флуоресцентный микроскоп, традиционно оснащённый чёрно-белой CCD камерой (они дешевле, прекрасно справляются с поставленными задачами и обеспечивают более чёткое изображение), но нет подходящего микроскопа для цветной фотографии. Во многих современных научных биомедицинских проектах микроскопия образцов в цвете часто имеет довольно низкий приоритет, а многие гистологические измерения можно выполнить и на основе монохромных кадров. Поэтому PI и не торопятся вкладывать деньги в поддержку цветной микрофотографии.

И все же для ряда окрашиваний цветные снимки бывают нужны. На самом деле сделать цветные снимки можно и с помощью монохромной CCD камеры. Для этого нужно просто разложить свет на цветные компоненты с помощью красного, синего и зелёного фильтров и для каждого канала записать монохромные данные яркости и контраста. Техника открытая более 150 лет назад, английским математиком Джеймсом Максвеллом и хорошо знакомая астрономам.

Всё, что Вам потребуется это приобрести цветные светофильтры, которые физически подходят к оптической системе вашей конкретной модели микроскопа. Отличные результаты дают недорогие астрономические LRGB фильтры с ценовым диапазоном от 20-50$, (L-фильтр вам, скорее всего не потребуется), но в качестве импровизации может подойти любой прозрачный предмет нужных цветов, например цветная плёнка или пластик. Чёткость изображения и цветопередача при этом, конечно, может быть ниже.

C помощью окуляров нужно найти интересующий ваш участок на срезе и добиться наилучшего фокуса. Дальше не меняя фокуса (на больших увеличениях с объективами 20х+ добетесь оптимального фокуса для каждого фильтра) и положения препарата нужно, последовательно установить красный, зеленый и синий фильтры в микроскоп и для каждого фильтра сделать отдельный монохромный снимок, не забывая, помечать в названии файла с каким фильтром снимок был сделан.

Сборку цветных фотографий при этом проще всего производить в Image J. Для этого нужно открыть три монохромных снимка соответствующих красному, зелёному и синему каналу и собрать их цветное изображение с помощью команды Image -> Color -> Merge Channels.

Полученное цветное изображение можно сохранить в любом удобном формате и продолжить обработку и кадрирование в любом привычном графическом редакторе. Такую же технику можно использовать для создания цветных снимков на любом монохромном оборудовании.

Микропрепарат человческой роговицы глаза. Окрашивание гематоксилином и эозином, цветное изображение получено сборкой RGB кналов. Микроскоп EVOS FL (Thermofisher Scientific) 05.2107.

Полученные таким образом изображения будут немного более качесвтенные чем полученные с помощью цветной CMOS матрицы со схожими характеристиками, врочем зачастую эта разница малозаметна и не столь важна. Для больших объёмов гистологической работы в цвете, всё-таки стоит приобрести специализированный микроскоп.

qPCR - полимеразная цепная реакция в реальном времени эффективный метод определения экспрессии генов, на основе амплификации исходного объёма мРНК. Для выбора генного сектора амплификации требуется пара олигонуклеотидных праймеров 3'-Front и 5’-Reverse, которые помечают участок амплификации. Этот материал расскажет как без особого опыта и знаний создать дизайн праймеров и заказать их синтез.

http://useast.ensembl.org/index.html

Для начала нужно определить индекс транскрипта для выбранного гена. В этом примере мы рассмотрим ген кодирующий протеин CXCL5 так же нужно выбрать биологический вид, с которым мы работаем, зависит, откуда вы извлекли вашу РНК, в данном примере это мышь CL57BL6. Теперь нажмите "Go" для поиска.

И из полученного списка важно выбрать не сам ген, он обычно идёт первым в поиске, а именно транскрипт.

Теперь нажимите на транскрипт в полученном списке нужно скопировать Transcript ID в абсолютном большинстве проектов нас интересует протеин кодирующий Protein coding, не содержащий интрона в этом примере Transcript ID следующий: ENSMUST00000031318.5

https://lifescience.roche.com/en_us/brands/universal-probe-library.html

Дальше нам на основании полученного Transcript ID нужно определить нуклеотидную последовательность сделать это можно здесь на сайте Roche LifeScience в онлайн системе Universal Probe Library.

Нажмите Assay Design Center и начните с выбора целевого организма. Опять же в данном случае это мышь Mus musculus (Mouse). Теперь впишите в строку Specify your target(s) Transcript ID полученный выше и нажмите Enter или копку Design.

Собственно вот и результат:

CXCL5 3’ tcttgggtgtgttaagagtgttct

CXCL5 5’ cacagcagctttctaaaaccataa

В системе Universal Probe Library прямой праймер 3’ называется left primer, а обратный 5’ right primer, но не суть. Собственно это готовая последовательность qPCR праймеров для синтеза. Чуть ниже сиквенса можно посмотреть карту транскрипта относительно всего гена.

Если вы получили предупреждение об отсутствии интронной сепарации в дизайне праймера, обязательно проведите цикл обработки ваших РНК образцов ДНКазами, для полной фрагментации остаточной ДНК, так как без интронного разделения праймеры могут амплифицировать как cDNA так и обычную ДНК, что может сильно повлиять на конечный результат. Обрабатывать выделенный образец РНК, ДНКазами нужно сразу после извлечения и, разумеется, до синтеза cDNA иначе ДНКазы разберут и её.

Собственно с первым этапом определения Transcript ID можно было бы особенно не заморачиваться, а сразу ввести интересующий нас ген в Universal Probe Library, но тут можно допустить ошибку. Дело в том, что Universal Probe Library предлагает самые разные варианты транскриптов с куда меньшим объёмом сопровождающей информации, закажешь по ошибке не кодирующий или просто не тот конструкт, а потом будешь гадать, почему амплификация не происходит и вместо результатов, qPCR показывает шум. Мелкая ошибка или невнимательность, которая может стоить месяцев работы впустую.

Итак, осталось заказать нуклеотидную последовательность. Фирм которые предоставляют такие услуги множество, выбор часто зависит от того с кем у вашей лаборатории заключён контракт на обслуживание или если на кампусе есть олигонуклеоитидный сиквенсер. Я обычно заказываю через сайт Thermofisher

https://www.thermofisher.com/order/custom-oligo/enterSequences

Всё что нужно это указать название вашего гена, использовать можно только буквы и цифры. Затем нужно вписать название олигонуклеатидной цепи и указать нуклеатидную последовательность. Затем нужно нажать Add Oligo и повторить процесс для обратного праймера. Осталось нажать Add to cart и перейти к оплате. Цена за одну последовательность 5$ при условии, что используется объём в 25 nmole, стандартный режим очистки и доставка в лиофилизированном виде, хотите уже готовый к использованию праймер можно доплатить ещё около 5 долларов и получить готовое разведение, но RNAse free water стоит дешево и лучше разводить праймеры самому. К тому же лиофилизат, хранится намного дольше.

Разумеется, это полностью автоматический режим синтеза праймеров для qPCR, при желании и понимании того как работает процесс амплификации вы можете выбрать другой фрагмент создать свой собственный праймер с интронной сепарацией, протестировать несколько вариантов праймеров с вашим qPCR оборудованием, и так далее для этого существует масса программного обеспечения например https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/, но это тема другого большого поста. Этот гайд больше для тех, кому нужно готовое решение для немедленного практического применения. Определение правильного сиквенса можно опустить и сразу перейти к заказу последовательности, если вы копируете праймеры из уже опубликованной статьи, однако и тут могут быть подводные камни, не всему что опубликовано в научных журналах можно безоговорочно доверять.

Удачных амплификаций и чистых результатов.

@moderator,

Пост не является рекламным. Я никакого отношения к компании Thomson Reuters Corporation не имею, никого покупать Endnote не призываю. Покупать, искать бесплатные аналоги, качать триал, просить лицензию у своего профессора или качать с torrent, это сугубо личное дело каждого. Пост для научных сотрудников в моё сообщество "Как построить карьеру в Науке". До сих пор множество ученых оформляют цитаты вручную и теряют на этом массу времени, текст для них, исходя из собственного личного опыта.

-----

Работа с цитатами в тексте, особенно если она выполняется вручную, отнимает много времени и сил. Допустим, необходимо добавить цитату в начале текста, это означает, что нужно обновлять всю нумерацию цитат.

Наконец, после долгой монотонной и изнуряющей работы с текстом, статья готова для подачи в журнал, нумерация и формат выверены, но статья получает отказ в публикации, это значит нужно начинать все практически, сначала, и перерабатывать формат каждой цитаты. Учитывая, что разные журналы имеют разные требования к оформлению цитат как в тексте, так и в списке литературы, исправления манускрипта в процессе работы требуют всё новых цитат, а это значит нужно исправлять весь список заново, эта работа отнимает дни, а иногда и недели, авторы допускают ошибки в нумерации цитирования. К счастью, существует способ этот процесс автоматизировать и никогда больше не задумываться о нумерации и формате ваших цитат, перепоручив работу Endnote.

После установки программы возникает резонный вопрос, как же ей пользоваться?

Открыв свою статью или новый документ в Word, вы увидите, что появилась новая панель инструментов, однако, что дальше? Для начала откройте Endnote, кликнув на красную кнопку EN.

Программа информацию о статьях получает из он-лайн каталогов, по умолчанию настроено соединение с Library of Congress, LISA, Pubmed и Web of Science. Можно добавить и другие, но, как правило, предустановленных достаточно. Разумеется, для загрузки новых цитат программе потребуется подключение к интернет. Теперь, подключившись к Pubmed, давайте найдём статью, которую вы бы хотели процитировать. Система поиска позволяет искать по массе параметров, но сам поиск реализован достаточно не гибко, на точных совпадениях, например, возникают сложности с греческими символами дефисами и так далее. Не будет точного совпадения, поисковый запрос придет пустым. Поэтому если поиск в Endnote не дает результатов это не значит, что статьи в каталогах нет, нужно изменить условия. Например, искать по имени автора, году публикации и названию журнала, нежели названии статьи, либо использовать первые несколько слов названия, вместо полного названия.

Итак, статья найдена, как перенести её в текст?

Очень просто, кликните на найденном материале. Нажмите Ctrl+C или на Mac: Command + C теперь возвращайтесь в окно Word

Выберите место, где цитата должна присутствовать. Теперь просто нажмите Ctrl/Command + V, в тексте появится ссылка вида {Authorname, 20XX #00000} если у вас уже определен стиль документа то спустя несколько секунд Endnote отформатирует её в формат указанного журнала, а в конце документа появится список литературы.

Чтобы изменить стиль нажмите на кнопку Format Bibliography на панели инструментов Endnote.

Выберите нужный стиль и нажмите Ok. На этом все, после нескольких секунд работы Endnote приведет ваше цитирование согласно стилю выбранного журнала для примера выберем стиль журнала Cell. Изменять стили можно сколько угодно раз и это займет не более нескольких секунд.

Разумеется, Endnote автоматически исправит нумерацию, если добавить новые ссылки в любую часть текста. Становится возможным вести цитирование по мере написания текста.

Наиболее эффективная для меня схема работы такая: Написать фрагмент текста, к которому нужна цитата, затем в Google найти подтверждающее это утверждение статью или книгу, (часто происходит и наоборот) затем скопировать название или автора в Endnote и добавить цитату в текст.

Если стиля журнала, в который вы хотите подать статью в списке стилей не оказалось, то забиваете в поиск %имя журнала% Endnote style и качаете ens файл.

Его вам нужно скопировать в C:\Program Files (x86)\EndNote X6\Styles (потребуются права администратора).

После чего, программу даже не нужно перезапускать, нужный стиль отыщется в разделе Format bibliography/Browse.

Разумеется у программы есть масса других функций, но начать эффективно пользоваться автоматическим менеджментом цитат можно согласно этому руководству. А на сэкономленное таким образом время можно провести больше экспериментов или почитать pikabu.

Удачных открытий и публикаций!

P.S. Специфическая проблема для русских пользователей отсутствие научных работ на русском языке во многих он-лайн каталогах. Задумайтесь вот над чем, статьи на локальных языках обладают минимальным научным весом, они вряд ли посодействуют вашей научной работе.